래스터 패키지 : "getValuesFocal"함수를 사용할 때의 메모리 부족

Question

3 레이어의 래스터 (1300 x 1400 셀)가 있으며 3 개의 레이어 모두에서 데이터를 사용하여 초점을 계산하고 싶습니다. 예를 들어 레이어 중 하나는 토지 피복지도이며, 창의 중심 픽셀과 동일한 토지 피복 유형을 가진 초점 창의 이러한 픽셀 만 계산에 사용하고 싶습니다. 래스터 패키지에서 "초점"기능을 사용할 수 없다고 생각합니다. 그 이유는 "getValuesFocal"에 의해 모든 이동 윈도우 범위에 대해 3 개의 레이어에서 데이터를 추출하려고했기 때문입니다. 이 일을 한 후에 "getValuesFocal"결과로 배열의 행을 반복하는 것이 었습니다. 그러나 배열이 매우 크고, 나는 오류 메시지가 표시되도록 메모리에 맞지 않는이 :

dataraster <- stack(classification, layer2, layer3) 
data <- getValuesFocal(dataraster, ngb=11, names=TRUE, padValue=NA, array=TRUE) 
Error: cannot allocate vector of size 1.7 Gb 
In addition: Warning messages: 
1: In `rownames<-`(`*tmp*`, value = 1:1879200) : 
    Reached total allocation of 8008Mb: see help(memory.size) 

나는 FF로 같은 패키지가 큰 데이터 세트를 처리 할 수 ​​있도록 bigmemory 것을 알고 있지만 내 데이터 세트가 처음이 될 수 없을 때 어떻게 내가 사용할 수 있습니다 만들어진. 나는 64 비트 R을 사용하고 8GB RAM을 가지고있다. 파일에 "getValuesFocal"의 결과를 작성하는 방법이 있습니까? 어떤 도움을 주셔서 감사합니다.

Answer 1

row 및 nrows 인수를 사용하여 청크로 데이터를 읽을 수 있습니다. 예 :

library(raster) 
r <- raster(nr=5, nc=5, crs='+proj=utm +zone=12') 
r[] <- 1:25 
as.matrix(r) 
getValuesFocal(r, row=1, nrows=2, ngb=3, names=TRUE)