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대장균의 핵심 신진 대사지도를 그려야합니다. 지도의 각 반응과 관련하여이 반응을 통해 플럭스를 나타내는 숫자가 있습니다. 지도에 각 반응의 색상을 통해 이러한 플럭스를 반영하는지도를 원합니다.대사성 네트워크 플로팅?
나는 Mathematica 및 Cytoscape와 같은 도구를 사용해 보았지만, 대사 네트워크의 멋진 레이아웃을 얻는 것은 매우 어렵습니다. 나는 대장균 신진 대사지도를 종이에서 아주 멋있게 보았다. 내가 필요한 것은 이러한 맵이지만, 반응의 색을 정의 할 수있는 곳입니다.
사용할 수있는 도구가 있습니다 (예 : metdraw.com). 그러나 대장균 SBML 모델을 업로드하면 플롯 레이아웃이 재앙입니다. 이전에는 반응 플럭스를 입력해야했던 사전 제작 된 모델에 사용할 수있는 웹 IPython 노트북이있었습니다. 하지만 이제 사라졌습니다 : http://nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb
아래 이미지를 참조하십시오. 구획을 구분하는 노란색 테두리 상자는 잊어 버려야합니다. 나는 그 사람들을 살릴 수있다.
