petsc 행렬을 만드는 방법은 무엇입니까?

저는 petsc4py를 사용하고 있으며 몇 가지 문제가 있습니다. 나는 작은 petsc 밀도 행렬의 mij의 번호를 가지고 있고,이 같은 큰 행렬 M로 구성 할 :petsc 행렬을 만드는 방법은 무엇입니까?

 [ m11 m12 m13 ] 
M = | m21 m22 m23 | , 
    [ m31 m32 m33 ]

가 mcve 코드는 아래에 표시되어, 나는 PETSc의 파이썬 랩을 사용하고 있습니다 그러나 문법은 비슷합니다. 이러한 에러 메시지를보고

import numpy as np 
from petsc4py import PETSc 

mSizes = (5, 8, 6) 
mij = [] 

# create sub-matrices mij 
for i in range(len(mSizes)): 
    for j in range(len(mSizes)): 
     temp_m = PETSc.Mat().create(comm=PETSc.COMM_WORLD) 
     temp_m.setSizes(((None, mSizes[i]), (None, mSizes[j]))) 
     temp_m.setType('mpidense') 
     temp_m.setFromOptions() 
     temp_m.setUp() 
     temp_m[:, :] = np.random.random_sample((mSizes[i], mSizes[j])) 
     temp_m.assemble() 
     mij.append(temp_m) 

# Now we have four sub-matrices. 
# I would like to construct them into a big matrix M. 
M = PETSc.Mat().create(comm=PETSc.COMM_WORLD) 
M.setSizes(((None, np.sum(mSizes)), (None, np.sum(mSizes)))) 
M.setType('mpidense') 
M.setFromOptions() 
M.setUp() 
mLocations = np.insert(np.cumsum(mSizes), 0, 0) # mLocations = [0, mSizes] 
for i in range(len(mSizes)): 
    for j in range(len(mSizes)): 
     M[mLocations[i]:mLocations[i+1], mLocations[j]:mLocations[j+1]] = \ 
      mij[i*len(mSizes)+j][:, :] 
M.assemble()

는 :

Traceback (most recent call last): 
    File "tryMatConstuct.py", line 29, in <module> 
    mij[i*len(mSizes)+j][:, :] 
    File "PETSc/Mat.pyx", line 227, in petsc4py.PETSc.Mat.__getitem__ (src/petsc4py.PETSc.c:110477) 
    File "PETSc/petscmat.pxi", line 997, in petsc4py.PETSc.mat_getitem (src/petsc4py.PETSc.c:30481) 
    File "PETSc/petscmat.pxi", line 917, in petsc4py.PETSc.matgetvalues (src/petsc4py.PETSc.c:29242) 
petsc4py.PETSc.Error: error code 56 
[1] MatGetValues() line 1818 in /home/zhangji/PycharmProjects/petsc-petsc-31a1859eaff6/src/mat/interface/matrix.c 
[1] MatGetValues_MPIDense() line 154 in /home/zhangji/PycharmProjects/petsc-petsc-31a1859eaff6/src/mat/impls/dense/mpi/mpidense.c 
[1] No support for this operation for this object type 
[1] Only local values currently supported

출처

2016-09-12 Ji Zhang

즉 PETSc.Mat() getDenseArray()이며 . 'MatGetValues ()'함수는 로컬 데이터에 대해서만 접근을 허용합니다. 이것이 에러 메시지가 출력되는 이유입니다. 마찬가지로'MatDenseGetArray_MPIDense()'는 로컬 데이터에 대한 접근을 가능하게합니다. [mpidense.c] (http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/mat/impls/dense/mpi/mpidense.c.html)를 참조하십시오. 데이터를 전송하는 데 필요한 MPI 통신은 사용자에게 맡깁니다! 우리는 당신에게 대답을 제공하기 위해 [mcve] (http://stackoverflow.com/help/mcve)가 필요합니다! – francis

I는 2D 배열 대신 짧은 서브 매트릭스 mij에 petsc 매트릭스를 사용해야한다. 각 프로세스가 MATSEQDENSE 행렬로 전체 행렬의 행의 소정의 세트를 저장한다 :. petsc4py 함수에서

는

포맷 MATMPIDENSE 슬라이스 행렬에 대응

temp_m = mij[i*len(mSizes)+j].getDenseArray()

출처

2016-09-16 16:11:29

petsc 행렬을 만드는 방법은 무엇입니까?

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