Windows 7 x64에서 R의 멀티 코어 처리

Question

R이 처음이므로 spatstat 패키지를 사용하여 일부 포인트 패턴 분석을 실행해야합니다. 나는이 과정을 멀티 스레딩 일을 가속화 할 수 있다면

내 데이터는 매우 크고 spatstat 만 사용할 수있는 4 개 개의 코어 중 하나 개의 코어를 사용하기 때문에

, 나는 궁금했다.

나는 병렬 환경에서 사용 spatstat의 기능을 변화 패키지를 제공하는 this paper을 발견했다. 이 논문에 따르면, 나는 먼저 Rmpi를 설치해야한다.

처음으로 누락 된 msmpi.dll에 문제가있었습니다.

> library(Rmpi) 
> mpi.spawn.Rslaves(nslaves=4) 
Erreur dans mpi.comm.spawn(slave = system.file("Rslaves64.cmd", package = "Rmpi"), : 
Other MPI error, error stack: 
MPI_Comm_spawn(106)..........: MPI_Comm_spawn(cmd="C:/Users/ddeltenre/Documents/R/win-  
library/3.0/Rmpi/Rslaves64.cmd", argv=0x000000000EC70C90, maxprocs=4, MPI_INFO_NULL, 
root=0, MPI_COMM_SELF, intercomm=0x000000000F44A878, errors=0x000000000E729AA8) failed 
MPID_Comm_spawn_multiple(314): Function not implemented 

내 질문은 : a windows package를 설치 한 후, 나는이 시점에서 R.

에 Rmpi를로드 할 수 있었다, 나는 Rmpi가 제대로 작동하지 않는 것 때문에 뭔가 문제가 어딘가에 있다고 생각 따라서 다음

1. 의 I는 Rmpi ​​작업을 관리 할 경우에도, 가장 중요한, 그것은 가 작동 할 수 parspatstat을 의미 하는가, 또는 설치 리눅스에 모든 물건을 할 쉬울 것 ?

는

2. 는 Rmpi ​​정말 멀티 코어 프로세싱을 할 수 있도록 설계되어 ?

3. 는 윈도우 7의 x64에 Rmpi를 사용할 수 있습니까?

4. 는 윈도우 패키지를 설치하기 전에, 나는 그 갈 수있는 방법이라고 생각하고,이 튜토리얼 (www.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/windows.htm)을 따랐다. MPICH를 제거했지만 (문제를 해결하지 못했음) Rmpi의 동작에 영향을 미칠 수 있습니까? 당신의 도움에 대한

많은 감사

Answer 1

이 MPICH2 Windows 용 권장 MPI 분포는 않은 것 같습니다, 그래서 당신이 그것을 사용하는 것이 또한 추천 할 것입니다. 모든 것을 설치하고 작동시키는 것이 쉽지 않을 수도 있지만, 권장 배포판을 사용하면 다른 사람들에게 도움을받는 것이 훨씬 쉬울 것입니다.

나는 당신이 "parspatstat"얻을 수있는 것으로 기대 MPICH2/Rmpi를 사용하여 Windows 작업을하고 여러 개의 코어를 사용할 수 있도록 것이라고하지만 어려울 수 있습니다. 선택의 여지가 있다면, 특히 Rmpi에 대한 탁월한 지원이있는 데비안 기반 배포판을 사용하는 것이 좋습니다. MPI는 주로 클러스터와 같은 여러 시스템에 사용 맞도록되어 있지만

, 대부분의 구현은 멀티 코어 컴퓨터에서 실행을 지원합니다. Linux 시스템에서 "parspatstat"을 테스트 해 볼 가치가 있습니다. Windows에서 작동 시키려면 오랜 시간을 투자해야합니다.