이원 반응 변수가있는 계통 발생 론적 회귀 분석

Question

계통 발생 비교 분석을 위해 phylolm 패키지를 사용했습니다. 내 반응 변수는 이진 데이터 (1과 0)이므로 계통 발생 론적 회귀 분석을 사용했습니다.

phyloglm의 출력을 플로팅하려면 어떻게해야합니까? 비슷한 질문을 here 발견했지만 회신을 이해할 수 없습니다. 여기에 표시된대로 결과를 표시하는 방법에 대한 조언을 제공해 주시겠습니까?

Answer 1

?phyloglm에서 예를 사용하면 :

library(ape) 
library(phylolm) 
set.seed(123456) 
tre = rtree(50) 
x = rTrait(n=1,phy=tre) 
X = cbind(rep(1,50),x) 
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X) 
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x) 
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100) 

플롯 (지터) 데이터 및 응답 (plogis()은 로지스틱 함수이다 예측값은 logistic(a+b*x) 것으로서 우리 선을 그리는 add=TRUE으로 curve()를 사용한다.)

12304 7,

이 플롯의 OP 버전은 중간 범위에 걸쳐 선형 약되고, (우리가 Y 축 스케일 볼 수 없지만)는 로지스틱 맞는 완벽하게 일치

인 예측 된 값 (곡선의 상단에 감속의 힌트가 있음).