나는 조상 상태 재구성 분석에 사용 된 색상을 지정하려고하므로 다른 그래프에서 동일한 데이터를 동일한 데이터로 사용할 수 있습니다. 그러나 원숭이의 nodelabels을 사용하면 지정한 색상이 표시되는 것과 일치하지 않습니다. 아무도 이것이 왜 있는지 압니까? 어떻게 해결할 수 있을까요? 아래의 문제의 예를 참조하십시오 이미지 제공 rm(list = ls(
지표 종 분석의 결과에 따라 계통 발생 팬의 팁 레이블 (종 ID와 유사)을 색칠하고 싶습니다. 따라서 'H'= 빨강, 'L'= 초록색, 'O'= 초록색 ('na'= 녹색) '이되도록'Indicator '데이터 컬럼을 기반으로 색상 코드를 지정하고 싶습니다. 검은). cols = ifelse(LU != "O", "blue", "darkgreen")[matc
다음 코드는 기울임 꼴로 기울임 꼴로 표시되고 밑줄이 공백으로 바뀐 계통 발생 트리를 플로팅합니다. library(ape)
tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5"))
plot(tr)
계통 발생에 관한 팁 레이블에서 일반 텍스트와 이탤릭체로 된 텍스트를 결합하는
계통 발생 비교 분석을 위해 phylolm 패키지를 사용했습니다. 내 반응 변수는 이진 데이터 (1과 0)이므로 계통 발생 론적 회귀 분석을 사용했습니다. phyloglm의 출력을 플로팅하려면 어떻게해야합니까? 비슷한 질문을 here 발견했지만 회신을 이해할 수 없습니다. 여기에 표시된대로 결과를 표시하는 방법에 대한 조언을 제공해 주시겠습니까?
나는 계통 발생 나무 전체를 만드는 R에서 시뮬레이션을 실행하려고합니다. 트리 시뮬레이션은 실행 시간이 매우 가변적이며 때로는 0.005 초 및 때로는 분이기 때문에 약간 문제가됩니다. 나는 evalWithTimeout을 사용하여 그들을 건너 뛰기 위해 느린 나무를 피하고 싶다. 지금까지 루프를 죽이지 않고 느린 작업을 죽일 수 없기 때문에 문제가 발생했습
phyloseq 자습서를 검토했지만 스트레스 수준을 결정하는 방법과 특정 taxa의 수식을 그릴 방법을 결정할 수는 없습니다 종과 비교하여). 이 기본 GlobalPatterns 데이터 을 설정하여 가족 분류군에만 GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]
GPotu <- otu_table(GP)
GPsd <- sample_da
저는 R에서 몇 가지 생물 지리 분석을 수행 중이며 결과는 행렬 쌍으로 인코딩됩니다. 열은 지리적 영역을 나타내고, 행은 계통 발생 트리의 노드를 나타내며 행렬의 값은 열이 나타내는 지리적 영역에서 분기 이벤트가 발생했을 확률입니다. 매우 간단한 예 될 것이다 :이 경우 > One_node<-matrix(c(0,0.8,0.2,0),
+ nrow=1,
나는 계통 발생에 대해 새로운 경향이있다. 현재 나는 101 종의 전체 mtDNA가있는 클러스터에서 MrBayes를 운영했습니다. 계통 발생 분석은 세 번 째 코돈 위치와 함께 한 번, 두 번 별도로 두 번 수행되었다. InvGAMMA 모드로 분석합니다. 이상한 점은 세 번째 코돈 위치 입력 파일을 가진 ".con.tre"파일을 얻을 수 있지만 비 셋째 코
계통 발생 팬에서 if 문을 적용하여 팁 (이 예에서는 62 종)을 색칠하고 싶습니다. 나는 현재 "O"darkgreen와 관련된 모든 종 색상하기위한 시도로, 다음 코드를 사용하고 있습니다 : ColourIf = ifelse(LU != "O", "blue", "darkgreen")
tiff("PhyloFan.tif", height=10, width=1
나는 계통 발생 트리를 그린다. 그리고 나는 멸종 된 종의 끝 부분에 'dead symbol̈̈'(예 : 두개골)과 같은 것을 추가하고 싶다. 도트로 표시된 분기 시간 (예 : $ \ Delta t_i $ 또는 숫자)에 라텍스 기호가있는 x 축 막대를 추가하고 싶습니다. 나는 지금까지이 나무를 가지고 있습니다. 이 경우 녹색 점선 바로 뒤에있는 데드 심볼을