ape-phylo

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아마도 제목을 더 잘 표현할 수 있었지만 계통 발생 트리 내에서 클레 드를 붕괴시키고 싶습니다 (클레이드에 멤버가 하나 있더라도). 팁 레이블이 " foo "라고 표시 한 다음 특정 클레 드에서 떨어 뜨린 팁 수를 세고 팁 레이블이 35 개를 표시하는 가지를 만듭니다. 계산 부분이 쉽습니다. 그러나 내가 사용할 때 drop.tip(rooted.tree,ti

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계통 발생 조상 상태 재구성에서 색상 지정

나는 조상 상태 재구성 분석에 사용 된 색상을 지정하려고하므로 다른 그래프에서 동일한 데이터를 동일한 데이터로 사용할 수 있습니다. 그러나 원숭이의 nodelabels을 사용하면 지정한 색상이 표시되는 것과 일치하지 않습니다. 아무도 이것이 왜 있는지 압니까? 어떻게 해결할 수 있을까요? 아래의 문제의 예를 참조하십시오 이미지 제공 rm(list = ls(

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하위 트리() - 내부 노드는 하위 트리에 어떻게 레이블링됩니까?

나는 R에서 ape 패키지로 작업하고 있습니다. 트리에서 가능한 모든 목록을 원합니다. subtree. 그런 다음 하위 트리 목록을 반복하고 모든 하위 트리의 루트를 가져 오려고합니다. 내 질문은 각 하위 트리에 대해 나열된 첫 번째 내부 노드가 해당 하위 트리의 루트인지 여부입니다. 예를 들어 더 잘 설명 할 수 있습니다. 나는 12 개의 힌트를 가진 무

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원형 계통 발생 트리의 노드 레이블

원형 계통 발생 트리를 만들려고합니다. 나는 코드의이 부분이 있습니다 fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL) nclus= 3 color=c('red','blue','green') color_list=rep(color,nclus/length(color)) clus=cut

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연구실에서 원숭이 패키지를 사용하여 맹장지를 그리는 방법?

나는 ~ 200 X 200 크기의 거리 행렬이 I 크기는 플롯 볼 수 있도록 큰 R 에서 원숭이 라이브러리의 BioNJ 옵션을 사용하여 dendrogram은 플롯하기없는 나는 가시성을 향상시킬 수있는 방법은 무엇

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haploNet에서 원형 차트 플로팅 방법 Haplotype Networks {pegas}

haplotype 네트워크를 플로팅하기 위해 {pegas}의 haploNet 기능을 사용하려고하지만 동일한 원형 차트의 다른 인구 집단으로부터 동일한 haplotype을 배치하는 데 문제가 있습니다. x <- read.dna(file="x.fas",format="fasta") h <- haplotype(x) net <- haploNet(h) plot(

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계통 발생 트리 정규화 R

R에서 계통 발생 트리 데이터로 작업 할 때 (특히 "phylo"또는 "phylo4"개체로 작업 할 때) 특정 계통 (더 빠르게 진화하는 것들)이되도록 계단 길이를 정규화하는 것이 유용합니다. 나무에 가지 길이의 불균형을 기여하지 마십시오. 이것은 여기에있는 토론에서 볼 수 있듯이 UniFrac 값을 계산할 때 공통적 인 것으로 보입니다 : http://b

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루프에서 느린 작업 건너 뛰기 R

나는 계통 발생 나무 전체를 만드는 R에서 시뮬레이션을 실행하려고합니다. 트리 시뮬레이션은 실행 시간이 매우 가변적이며 때로는 0.005 초 및 때로는 분이기 때문에 약간 문제가됩니다. 나는 evalWithTimeout을 사용하여 그들을 건너 뛰기 위해 느린 나무를 피하고 싶다. 지금까지 루프를 죽이지 않고 느린 작업을 죽일 수 없기 때문에 문제가 발생했습

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R {원숭이} CLUSTAL 내가 가 <p>내 DNA 서열을 처리하기 위해 패키지 원숭이에 R의 CLUSTAL 기능을 사용하고자하는 R.</p>에서 초보자입니다 clustalw2

을 찾을 수없는, 그래서 우리 {pegas}는 추가 분석을 수행 할 수 있습니다 . 그러나, 나는 먼저 설명서에 제공된 예를하려고하면 clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2") 을하지만 오류 메시지가 있어요 : 싶습니다 /bin/sh: clustalw2: command n

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데이터 프레임에 저장된 DNA 시퀀스와 함께 as.DNAbin {ape}을 사용하는 방법은 무엇입니까?

하나의 열에 loci 이름이 있고 다른 열에 DNA 시퀀스가있는 데이터 프레임이 있습니다. 나는 as.DNAbin{ape} 또는 비슷한 DNAbin 개체를 만들려고 노력하고있어. 여기 일부 예시적인 데이터 : X < - 구조 (c ('55548', '43297', '35309', '34468', 'AATTCAATGCTCGGGAAGCAAGGAAAGCTGGGG