연구실에서 원숭이 패키지를 사용하여 맹장지를 그리는 방법?

Question

나는 ~ 200 X 200 크기의 거리 행렬이 I 크기는 플롯 볼 수 있도록 큰 R 에서 원숭이 라이브러리의 BioNJ 옵션을 사용하여 dendrogram은 플롯하기없는 나는 가시성을 향상시킬 수있는 방법은 무엇

Answer 1

두 가지 옵션 당신은 당신의 데이터가 거리 행렬 인 경우,

set.seed(1)       # makes random sampling with rnorm reproducible 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5) # any MxN matrix 
distm <- dist(m)      # distance matrix 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm) 

를 사용하여 데이터의 거리 행렬을 계산해야하는 경우 데이터

을에 따라 (정방 행렬해야합니다!)

set.seed(1) 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)  # must be square matrix! 
distm <- as.dist(m) 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm) 

클러스터링을 사용하는 동안 200 X 200 거리 행렬은 나에게 합리적인 플롯

set.seed(1) 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)  # must be square matrix! 
distm <- as.dist(m) 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm)