phylogeny

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나는 계통 발생 트리를 가지고 있는데, 이는 유전자와 함께 어떻게 클러스터링되는지 보여준다. 유클리드 거리 매트릭스와 원숭이 패키지를 사용하여 플로팅했습니다. 자세한 내용은 이전 링크를 참조하십시오. Phylogenetic tree 여기 유전자 매트릭스로 전환시켰다 내 데이터 (gg.txt)이다. ID gene1 gene2 1 ADRA1D ADK 2

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Sankoff의 알고리즘 Small Parsimony 이해

Small Parsimony 문제 : 진화 나무에서 내부 정점의 가장 간략한 레이블을 찾습니다. 입력 : 각 문자가 m- 문자 문자열로 레이블 된 트리 T입니다. 출력 : 트리의 내부 꼭지점에 라벨을 지정하여 패 시몬 점수를 최소화합니다. 나는이 게시물의 하단에있는 이미지를 참조하고 있습니다. 제공된 예제를 따르기 만하면됩니다. 첫 번째 단계는 A, C,

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사용 파이썬은 Newick 형식에서 지점 길이를 추출

나는 아래 Newick 형식으로 작성된 나무이며, 하나 개의 항목으로 구성된 파이썬에서 목록이 :이 아래와 같이 나타납니다 ['(BMNH833953:0.16529463651919140688,(((BMNH833883:0.22945757727367316336,(BMNH724182a:0.18028180766761139897,(BMNH724182b:0.214696

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모델 R과 Phangorn의 테스트 및 네거티브 에지 길이

단백질 데이터 세트를 분석하고 있습니다. R에서 패키지 phangorn을 가진 트리를 만들려고합니다. 내가 그것을 만들 때 때때로 분석 (modelTest)을 진행하기가 어려워지는 네거티브 에지 길이를 갖습니다. 데이터 세트 (250 개가 넘는 단백질)의 크기에 따라 modelTest를 수행 할 수 없습니다. 분명히 부정적인 가장자리 길이로 인해 문제가 있

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igraph는 계통 발생 트리에서 내부 노드 구조를 잃습니다 (as.igraph() 트리 변환)

계통 발생 트리를 R의 igraph 그래프 객체로 변환했습니다. 변환은 매우 간단합니다. (난 내 자신을 작성했습니다) x <- read.tree(treeName) #library(ape) xg <- as.igraph(x) #library(igraph) xn <- as.network(x) #library(network) 문제는 igraph 내부

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Phylogenetic tree

유전자의 pairwise-data를 기반으로 계통 발생 트리를 만들려고합니다. 아래는 데이터 (test.txt)의 하위 집합입니다. 트리는 DNA 서열을 기반으로 구축 할 필요가 없습니다. 그러나 그것을 단지 단어로 취급합니다. 다음은 ID gene1 gene2 1 ADRA1D ADK 2 ADRA1B ADK 3 ADRA1A ADK 4 ADRB1 A

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bioperl newick 트리에서 노드 제거

bioperl을 사용하여 newick 트리에서 노드를 제거하려고합니다. 트리 파일 데이터를 포함 (((A : 5, B : 5) 90 : 2, C : 4) 25 (3), D : 10); 이하 코드이다 use Bio::TreeIO; use Bio::Tree::TreeFunctionsI; use strict; use warnings; my $input =

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haploNet에서 원형 차트 플로팅 방법 Haplotype Networks {pegas}

haplotype 네트워크를 플로팅하기 위해 {pegas}의 haploNet 기능을 사용하려고하지만 동일한 원형 차트의 다른 인구 집단으로부터 동일한 haplotype을 배치하는 데 문제가 있습니다. x <- read.dna(file="x.fas",format="fasta") h <- haplotype(x) net <- haploNet(h) plot(

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phylogentic 나무

구축 나는이 matches = [[['rootrank', 'Root'], ['domain', 'Bacteria'], ['phylum', 'Firmicutes'], ['class', 'Clostridia'], ['order', 'Clostridiales'], ['family', 'Lachnospiraceae'], ['genus', 'Lachnospira']]

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각 표본 이름에 Deprogram이 다른 색상으로 라벨을 붙이고 색상을 R

누구에게 도와 주시겠습니까? 다음 코드를 사용하여 DNA 거리 매트릭스를 사용하여 맹검 법을 그려 나가려고합니다. 모든 것은 괜찮아 보이지만 다른 색으로 각 표본을 가질 수있는 것 같지 않습니다. 내 거리 행렬의 파일은 다음 링크에 있습니다 https://gist.github.com/plxsas/f02cd17e804f9fe1fe4a T6 <- fasta2D