phylogeny

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python 3.x 사용하기 파일에 쓰지 않고 ete3의 Tree 객체를 DendroPy에 전달할 수 있습니다.

python에서 ete3 패키지를 사용하여 확률 모델로 생성 한 데이터에서 계통 발생 트리를 작성하고 잘 작동합니다. . 필자는 이전에이 나무들을 뉴 릭 형식으로 작성한 후 Dendropy 패키지와 함께이 나무를 읽고 그 중 일부를 분석하기 위해 다른 스크립트를 사용했습니다. 이 두 스크립트 모두 제대로 작동합니다. 저는 이처럼 많은 양의 데이터 처리를 시

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R의 계통 발생학 : 내부 노드의 자손 끝을 붕괴

나는 codeml로 분석 할 준비가되어있는 수천 개의 유전자 나무가있다. 아래의 나무가 전형적인 예입니다. 내가하고 싶은 일은 중복으로 보이는 팁이나 노드의 축소를 자동화하는 것입니다. 예를 들어, 노드 56의 자손은 36까지의 팁 26, 27, 28 등입니다. 이제는 팁 26 이외의 모든 것이 중복 된 것처럼 보입니다. 노드 28의 모든 노드를 단일 팁으

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원형 계통 발생 트리의 노드 레이블

원형 계통 발생 트리를 만들려고합니다. 나는 코드의이 부분이 있습니다 fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL) nclus= 3 color=c('red','blue','green') color_list=rep(color,nclus/length(color)) clus=cut

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R - 극복 "정의되지 않은 열 선정"

편집 : 나는 예측 다른 수의 다양한 데이터 세트에 계통 발생 나무의 집합을 반복하는 R을 사용하고 : 지금 대답은, 아래의 업데이트 된 코드를 찾을 수 있습니다. 결과적으로, 회귀 함수를 명시 적으로 정의 할 수는 없습니다 (여전히 적절한 구현을 위해 노력하고 있습니다). 특히 "caper"및 "picante"패키지를 사용하고 주석이 달린 코드는 아래 (

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(업데이트) R : 다중 회귀 오류는 실패한 실행의) (

내 R sessionInfo (참/필요한 경우 거짓 없음) : 나는 고립시키는 중이 야 R version 3.1.2 (2014-10-31) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 [2] LC_CTYPE=English_Unit

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Caper R 패키지의 pgls()에서 학생화 된 잔여 물을 얻는 방법

135 종, 6 가지 수명 내역 특성 (응답) 및 2 가지 환경 변수 (예측 변수)가있는 데이터 세트가 있습니다. 나는 각각의 생활사 특성에 대한 환경 변수의 영향을보기 위해 Caper 패키지를 사용하여 pgls 회귀 분석을하는 것에 관심이있다. 특성 중 하나가 여성의 체질량이기 때문에, 나는 여성의 체질에 대한 각 특성의 pgls 퇴보를 계산하고 환경 변

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ete2로 그린 트리를 Newick 형식으로 변환하는 방법은 무엇입니까?

나는 ete2 명령 Tree(), .add_child(), .add_sister() 등을 사용하여 파이썬에서 트리를 그렸다. 이 트리를 해당 Newick 형식으로 변환 할 수있는 방법이 있습니까?

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계통 발생 위치를 유지하면서 팁 레이블로 클 래드 접기

아마도 제목을 더 잘 표현할 수 있었지만 계통 발생 트리 내에서 클레 드를 붕괴시키고 싶습니다 (클레이드에 멤버가 하나 있더라도). 팁 레이블이 " foo "라고 표시 한 다음 특정 클레 드에서 떨어 뜨린 팁 수를 세고 팁 레이블이 35 개를 표시하는 가지를 만듭니다. 계산 부분이 쉽습니다. 그러나 내가 사용할 때 drop.tip(rooted.tree,ti

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도트를 사용하여 계통 발생 트리에 계단 모양의 레이블을 연결하고 과밀 한 팁 레이블을 고친다.

Rstudio에서 원숭이와 phytools 패키지를 사용하여 조상 재건을 시도하고있다. 내 문제는 내 계통 발생 수에서 팁 레이블/종의 이름이 너무 많아서 읽을 수 없다는 것입니다. 현재, 내 나무에는 262 종의 데이터 세트가 있습니다. 데이터의 예는 nexus file입니다. 지금까지 제작 한 조상 재구성 나무는 여기에 있습니다 : http://i.im

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개인의 종에 의한 계통 발생 트리의 팁을 색칠하십시오.

here으로 정의 된 방법론을 사용하여 부트 스트랩으로 계통 발생 트리를 만들려고합니다. 거대한 데이터 세트를 가지고 있기 때문에 각 개인의 이름을 (이 예제를 위해 1,2,3,4, ...라고 명명 된) 유익하지 않습니다. 그러므로 개인의 종을 반영하기 위해 팁을 색칠하고 싶습니다. 개별 종의 정보는 분리 매트릭스라는 종에 저장됩니다 내가 적합 $ 트리 $