개인의 종에 의한 계통 발생 트리의 팁을 색칠하십시오.

Question

here으로 정의 된 방법론을 사용하여 부트 스트랩으로 계통 발생 트리를 만들려고합니다. 거대한 데이터 세트를 가지고 있기 때문에 각 개인의 이름을 (이 예제를 위해 1,2,3,4, ...라고 명명 된) 유익하지 않습니다. 그러므로 개인의 종을 반영하기 위해 팁을 색칠하고 싶습니다. 개별 종의 정보는 분리 매트릭스라는 종에 저장됩니다 내가 적합 $ 트리 $ 라벨에있는 그것의 종과 개인의 이름을 대체하려고 할 때마다

그럼에도 불구하고

species = data.frame(Ind=c(1 ,2 ,3 ,4 ,5), 
        Spe=c("s1","se1","se2","se2","se3")) 

이, 유일한 결과는 벡터를 비우는된다. 아마도 fit은 pml 클래스의 객체이기 때문에 내 전략과 충돌이 발생하지만 확실하지는 않습니다. 개별 종에 기초한 나무의 팁을 채색하는 방법이 있습니까? 내 코드는 지금, 다음과 같습니다

library(phangorn) 
#Create a tree from data in fasta format 
dat = read.phyDat(file = "myalignment.fasta", format ="fasta") 
tree <- pratchet(dat)   # parsimony tree 
mt <- modelTest(dat, tree=tree, multicore=TRUE) 
mt[order(mt$AICc),] 
bestmodel <- mt$Model[which.min(mt$AICc)] 
env = attr(mt, "env") 
fitStart = eval(get("GTR+G+I", env), env) 
fit = optim.pml(fitStart, rearrangement = "stochastic", optGamma=TRUE, optInv=TRUE, model="GTR") 
bs = bootstrap.pml(fit, bs=100, optNni=TRUE, multicore=TRUE) 

#Replace the names with the species... 
fit$tree$tip.label <- species[which(species[,1] == fit$tree$tip.label),2] 
#If I print fit$tree$tip.label here, the output is factor(0) 

#...and create the tree with colored tips 
plotBS(midpoint(fit$tree), bs, p = 50, type="p", show.tip.label = FALSE) 
tiplabels(pch=19, col = as.factor(fit$tree$tip.label), adj = 2.5, cex = 2) 

재현 예

저장을 위의 이름이 "myalignment.fasta"실행 코드와 다음. 문제는 색상이 아닌 레이블로 포인트를 플롯리스트 인 경우

가

>1 
AACCAGGAGAAAATTAA 
>2 
AAAAA---GAAAATTAA 
>3 
ACACAGGAGAAAATTAA 
>4 
AACCTTGAGAAAATTAT 
>5 
CCTGAGGAGAAAATTAA 

Answer 1

그래서, 당신은 그냥 만들어 gynmastics의 조금을 할

tiplabels(pch=19, cex=2, 
    col = species$Spe[match(fit$tree$tip.label, species$Ind)]) 

을 수행 할 수 있습니다 그것은 노는 장난감 예를 만들어야합니다 라벨이 종과 일치하는지 확인합니다 (이 예에서는 동일한 순서 임).