R에서 계통 발생 트리 데이터로 작업 할 때 (특히 "phylo"또는 "phylo4"개체로 작업 할 때) 특정 계통 (더 빠르게 진화하는 것들)이되도록 계단 길이를 정규화하는 것이 유용합니다. 나무에 가지 길이의 불균형을 기여하지 마십시오. 이것은 여기에있는 토론에서 볼 수 있듯이 UniFrac 값을 계산할 때 공통적 인 것으로 보입니다 : http://b
R에서 bipartite 네트워크를 만들고 싶습니다. 예를 들어 두 종의 data.frame이있는 경우 (종간 상호 작용 만 가능 각 종의 특성 값 (예 : 육식 동물의 입 크기에 따라 누가 어떤 먹이 종을 먹을 수 있는지), 종의 특성에 따라 네트워크를 어떻게 시뮬레이트 할 수 있습니까? 그들의 형질이 예를 들어 값과 중복되는 경우에만 상호 작용할 수 있
계통도와 일부 데이터 (형질 값)가 있습니다. 나는 ace을 caper에 사용하여 모든 노드의 특성 값을 재구성했습니다. 나는 ape에서 makeNodeLabel을 사용하여 재구성 된 특성 값을 해당 노드와 연관시켰다. 내가 원하는 무엇 는 모두 노드 값 (recontructed 값) 및 팁 라벨 (emperical 데이터)를 포함 R에서 넥서스 파일 (계
나는 하위 목록에서 newick 트리를 만들기 위해 작업 중이다. 목록 이름이 상위 이름이고 목록 요소가 하위 목록 인 목록 목록이 있습니다. 다음은 그 예이다 : 825(824(823(822(821(820(819,816,789(788),787,785(784),783(782)),777(776))))) 이 작업을 수행하는 가장 좋은 방법은 무엇입니까 다음과
계통 발생 비 독립을 통제하면서 MANOVA를 수행하는 R의 패키지 또는 방법을 아는 사람이 있습니까? 감사합니다. library('sos')
findFn('phylogenetic MANOVA')
이 geiger 패키지 것 같아 더 정확하게 aov.phylo이 계통 ANOVA 또는 MANOVA를 수행
나는 R.에 가이거 패키지에 tip.disparity 기능을 수행하기 위해 노력하고있어 내 데이터 : Family Length Wing Tail
Alced 2.21416 1.88129 1.66744
Brachypt 2.36734 2.02373 2.03335
Bucco 2.23563 1.91364 1.80675
내가 사용하는 내 데이터에서 이름을 확
phylogenetic tree 비교를위한 새로운 알고리즘을 개발했습니다 (계통 발생 트리는 단순히 뿌리가 이진 트리입니다). 입력으로 우리는 두 개의 나무가 있으며, 우리는 그들의 유사성 비율을 계산하고 싶습니다. 이러한 유형의 알고리즘 중 하나의 예는 here입니다. 그러나 대부분의 알고리즘은 알고리즘의 정확성을 검사하는 좋은 방법을 제공하지 못했습니다
나는 교육적인 예로서 해양 생물학 과정을위한 간단한 계통 발생 수목을 만들고 싶다. 나는 분류 학적 순위와 종의 목록을 가지고 : Group <- c("Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton",