나는 폐와 입에서 16 전투기에게 마이크로 바이 옴 데이터를 분석, 그리고 난 기본적으로 R. 그래서 나는 qiime를 통해 만들어 사용 R. 내 OTU 테이블에 두 개의 파일을 업로드 한 자신을 가르치고 : otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom')
그리고 SampleID, Location 및 Pair
phyloseq 패키지로 만든 플롯을 수정하고 싶습니다 (github에서 다운로드). Phyloseq 플롯은 ggplot2 객체이므로 ggplot2 객체를 phyloseq로 만든 객체에 추가하여 요소를 추가 할 수 있다고 생각합니다. 어떤 경우에는 이것이 작동하지만 다른 곳에서는 그렇지 않습니다. 왜 그런지 이해하지 못합니다. 예를 들어 : require(
phyloseq 자습서를 검토했지만 스트레스 수준을 결정하는 방법과 특정 taxa의 수식을 그릴 방법을 결정할 수는 없습니다 종과 비교하여). 이 기본 GlobalPatterns 데이터 을 설정하여 가족 분류군에만 GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]
GPotu <- otu_table(GP)
GPsd <- sample_da
저는 초보자이기 때문에 사과를 드릴 수있는 샘플 데이터 프레임을 만들 수 없습니다. 그러나, 나는 세균 지역 사회 분석을하고 있으며 각 열에 대한 종과 각 행에 대한 각 샘플을 가지고있는 테이블을 가지고 있습니다. 각 열은 각 종에 대한 식별자입니다. 데이터 프레임 내에는 각 표본에 대한 종의 존재 량이 있습니다. 나의 목표는 각 샘플 (행)에 대해 가장
plot_net에서 텍스트의 크기를 조정하고 싶지만 옵션 중 아무 것도 작동하지 않습니다. 나는이 날 내가 문제를 해결할 수있는 방법을 "Error: geom_text requires the following missing aesthetics: x, y, label". 사람이 말해 주시겠습니까 오류 부여합니다 p <- plot_net(physeqP, max