Phyloseq 및 히트 맵

Question

나는 폐와 입에서 16 전투기에게 마이크로 바이 옴 데이터를 분석, 그리고 난 기본적으로 R. 그래서 나는 qiime를 통해 만들어 사용 R. 내 OTU 테이블에 두 개의 파일을 업로드 한 자신을 가르치고 :

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom') 

그리고 SampleID, Location 및 Paired만을 포함하는 "맵"파일 종류. 예를 들면 :

SampleID Location Paired 
1_L  Lung  1 
1_M  Mouth  1 
2_L  Lung  2 
2_M  Mouth  2 

코드 :

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

내 데이터가 페어링 내가 히트 맵을 사용하여 입 대 폐를 비교합니다. 나는 R과 문제가 있었어. 우선 그 위치로 해선 안돼. 나는 시도했다 :

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType") 

그리고 나는이 오류가 발생했습니다 :

Error in get_variable(physeq, sample.label) : 
Your phyloseq data object does not have a sample-data component 
Try ?sample_data for more details. 

내가 ?sample_data에 가서 내가 여기에 놓친 거지 무엇인지 전혀 모른다.

둘째로, 나는 위치에 따라 그것을하고 싶다.

아무도이 코드를 도와 줄 수 있고, 내가 여기에 실종되었다는 것을 설명 할 수 있습니까? 왜냐하면 저는 또한 폐 마이크로 바이모를 기준선에서보고 2 개월 후에 다시 데이터가 쌍을 이룬 데이터이기 때문입니다.

도움 주셔서 감사합니다.

library("phyloseq") 
packageVersion("phyloseq") 

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom') 

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

sampledata1=sample_data(map) 

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1) 
plot_heatmap(otu2) 

는 또한, 내가

Answer 1

이에 대한 대답은 신중 주제에 전념 도움말 페이지에 설명 된 phyloseq 개체를 만드는 방법을 확실 해요 : 여기

내 전체 코드입니다 : 귀하의 질문에 뭔가 특별히 그 도움말 페이지에 혼란/부족에 대한 경우를 제외하고

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

,이 링크를 생각한다 질문에 답합니다.

의견을 언급 할 때 구체적인 내용을 알게되면 누군가가 정확하고 유용한 답변을 제공 할 가능성이 커집니다.