burnin과 thinning을 지정할 때 JAGS/BUGS가 얼마나 많은 반복을 저장합니까?

Question

JAGS 및 BUGS에서 모델을 실행하는 세부 사항에 대해 빠른 질문이 있습니다.

n.burnin=5000, n.iter=5000 및 thin=2으로 모델을 실행한다고 가정 해보십시오. 이것은 프로그램이 다음을 의미 함을 의미합니다.

1. 5,000 회 반복 실행하고 결과를 버립니다. 그리고 나서
2. 다른 10,000 번의 반복을 실행하십시오. 단 두 번째 결과 만 유지합니까?

이 시뮬레이션을 CODA 개체로 저장하면 10,000 개가 모두 저장되었거나 5,000 개만 저장 되었습니까? 나는 ACF 음모를 만드는데 어떤 반복 세트가 사용되는지 이해하려고 노력하고 있는가?

Answer 1

어떤 소프트웨어에 대해 더 구체적으로 말할 수 있습니까? R2WinBUGS 패키지에서 함수 bugs()의 인수를 언급하는 것처럼 보입니다 (인수가 n.thin thin이 아니라는 것을 제외하고). 도움말 (버그)을 보면 n.burnin은 "처음부터 버려야 할 반복 횟수"라고 말합니다. 어느 특정 질문에 대답하지 않지만, 그 패키지에 bugs.script()에 대한 소스를보고 당신이 의심, 5000 번 반복을 실행 것이라고 내게 제안합니다. 해당 패키지의 관리자에게 설명서를 설명하기 위해 제안을 보낼 수 있습니다.

예를 들어, 버그()는 번인 후에 추가로 0 번 반복 실행됩니다. 여기서 문서가 명확합니다. n.iter는 번인을 포함한 총 반복 횟수입니다.

두 번째 질문에 대해 WinBUGS (및 WinBUGS 또는 OpenBUGS를 호출하는 모든 소프트웨어)의 CODA 출력에는 씬 샘플이 포함됩니다.

Answer 2

JAGS 인 n.burnin=5000, n.iter=5000 and thin=2은 아무 것도 보관하지 않는다는 것을 의미합니다. 5000을 실행하고이 5000의 첫 번째 5000을 버린 다음 체인의 나머지 값의 절반 만 유지합니다 (1 값을 유지하고 다음 값을 버립니다).

예 : n.burnin=2000, n.iter=7000, thin=50, n.chains=5을 사용하십시오 : (7000-2000)/50 * 5 = 500 값을 갖습니다.