파이썬에서 subprocess.call을 사용하는 멀티 파일 stdin (bowtie 용)

Question

파이썬에서 스크립트의 subprocess.call 연산자를 사용하는 데 어려움을 겪고 있습니다. 파이프 라인 프로그램 (bowtie)을 여러 번 실행 한 다음 다른 방법으로 출력을 사용해야합니다. 이를 위해 subprocess.call을 사용하고 있습니다.

문제는 bowtie가 입력 파일 2 개, 색인 및 텍스트 파일을 가져오고 둘 다 stdin 매개 변수에 할당 할 수 없다는 것입니다.

또한 args에 색인 경로를 포함 시키려고했지만 bowtie는 색인으로 인식하지 못하고 오류가 발생합니다. Sincer이 색인은 항상 동일합니다.이 문제를 피할 수있는 방법이 있습니까?

여기에 내가 (매우 원시)에서 일하고 있어요 코드의 일부 :

이

inpath = "/media/2tbhd/workdata/nanocage_noadapt/zf/fasta/zf_ad_c_r2.fasta" 
ind_path = "indexes/zf_gen_topl" 
for elem in plist: 
     cmd = subprocess.call(["bowtie","-f","-v 3", "--best" "--suppress 6,7" "-p 6"], shell = True, stdin = inpath, ind_path) 

Answer 1

내가 bowtie에 대해 아무것도 몰라,하지만 전화 같은 것을해야한다고 나에게 보인다

를

cmd = subprocess.call(['bowtie','-f',inpath,'-v','3', '--best','--suppress','6,7','-p','6',ind_path]) 

일반적으로 인수 목록을 명령 줄에서와 똑같이 하위 프로세스에 전달합니다. 명령 줄이 어떻게 보이는지 알면 멋진 shlex 모듈을 사용하여 명령을 분리 할 수 ​​있습니다. 예 :

import shlex 
import subprocess 
cmd=subprocess.call(shlex.split("ls -al")) 

Answer 2

사용자의 입력 파일은 파일이 다른 프로세스에서 데이터를 파이프하지 (그것이 당신의 예에의 모습입니다) 실제로 경우에, 나는 당신이 당신의 하위 프로세스의 STDIN을 사용한다고 생각하지 않습니다 . 콜 기능!
그리고 내가 아는 한 정상적인 명령 줄 bowtie에 STDIN을 통해 인덱스를 제공 할 수 없습니다.이 명령은 파일이어야합니다. 그래서 확실히 STDIN이 아니라 일반적인 인수가되어야합니다.

이

내가 일반적으로 스크립트에서 나비 넥타이를 호출하는 방법입니다 (입력 파일과 파일과 인덱스 모두, 더 STDIN 사용하지 않음) :

subprocess.call(["bowtie %s %s %s %s"(full_options,indexname,infile,outfile)], 
       shell=True) 

을 full_options이 '-f -m1 -v1 --best --tryhard -S --sam-nosq' 및 indexname 같은 것이 'Chlre4nm_cassette_new_m' 같은 것입니다되는 경우 (bowtie가 색인 파일을 감지하는 방법 인 쉘 환경 변수 $BOWTIE_INDEXES에 의해 주어진 디렉토리에서 Chlre4nm_cassette_new_m. *. ebwt 형식의 색인 파일 이름 세트의 기본 이름).

아마도 저는 subprocess.call을 잘못 사용하고있는 것을 알고 있으며 내 명령/옵션/args를 다른 대답과 같은 목록으로 분할해야합니다. 이것은 오래된 코드이지만 작동합니다.