annHeatmap2를 사용하여 주석이 달린 Heatmap R 만들기

Question

R에서 annHeatmap2를 사용하여 히트 맵을 만들려고합니다. 그래서 히트 맵 데이터와 주석 데이터는 서로 다른 열과 동일한 csv 파일에 있습니다 (행에 3 개의 이진 변수가있는 행에 주석을 달 수 있습니다). (히트 맵 데이터 열 1 : 4 및 그 이후의 이진 주석)

내 문제는 아래의 코드는 열에 대한 주석을 강제로 행에 대한 주석을 가져 오는 중입니다.

보조금 문제로 저는 저의 삶을 위해 dendrogram/clustering을 끌 수 없습니다. 도움이된다면 도움이 될 것입니다.

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,], ann=list(Col=list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))), cluster=list(Col=list(cuth=3000))) 
plot(map1)   

예를 들어 데이터 세트는 행이 더 클러스터링에 대한 표시 및 클러스터 상태 "아니오"에 대한 주석 목록에

GeneName wt basal aa basal wt PMA 1h aa PMA 1h var1 var2 var3 
Osm 79.04263765 87.7338764 271.0823488 78.54386727 0 0 1 
Il10 16.19566857 27.7348142 758.0504883 209.5772766 1 1 1 
Nr4a1 2850.181935 2867.378369 41778.06162 12366.60255 0 1 1 
Zfp36 202.9647756 150.495029 1385.650968 535.7451794 1 1 1 
Chka 56.31912295 56.75597066 211.3589101 85.5156186 0 0 0 
Phlda1 3303.725954 4276.452597 56005.96237 23852.14205 0 1 0 
ENSMUST00000107563 133.9562031 139.1866568 872.5107413 364.9401856 0 0 0 

Answer 1

시도 행을 동봉 : (? 참조 annHeatmap2)

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,], 
ann = list(Row = list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))), 
cluster = list(status="no"))) 
plot(map1) 

Answer 2

행 덴도 그램을 보이지만 그 열에 대한 덤 드로 그램을 숨기려면 다음과 같이 사용하십시오 : ...,dendrogram = list(Row = list(dendro = as.dendrogram(row.clus)),Col=list(status="hide")),...

이 정보는 "패키지 Heatplus를 사용하여 히트 맵 만들기"비 네트에서 찾을 수 있습니다.