비건 채식 패키지를 사용하여 커뮤니티 유사성을 분석하는 NMDS를 그려 봅니다. 이 서로 다른 치료를 포함하는 지역 사회의 행렬을 기반으로합니다R 비건 패키지의 NMDS 플롯에 화살표 포함
NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)
이 사람이 어떻게 치료에 반응하는 방법을 개별 종 보여 화살표를 그릴 수있는 방법을 가르쳐 주시겠습니까?
화살표는 그러한 플롯에서 잘못된 해석입니다. 샘플의 순위 불일치를 가장 잘 보존하고있는 플롯에서 종들이 그 공간에서 선형으로 반응한다고 가정 할 이유가 전혀 없다.
우리는 CA에있는 것처럼 종을 샘플 점수의 가중 평균으로 확장 할 수 있습니다.
envfit()을 사용하여 종족 벡터를 공간에 투영하고, NMDS 개체 및 종 데이터 (사례의 경우 community_matrix)를 전달하여 종족 벡터를 추가 할 수 있습니다. 많은 종을 가지고 있다면, 정말로 중요성에 대한 표시가 정말로 필요한 경우가 아니면, 아마도 순열을 없앨 것입니다.
따라서 NMDS에서 투영 된 벡터의 중요성은 신뢰할 수 없습니까? – Leosar
글쎄, 그들은 선형 모델 (일반 선형 모델의 의미에서)의 가정이 충족되면 신뢰할 수 있습니다. 선형성에 대한 가정이 데이터/NMDS 솔루션에 적합하지 않은 경우, 그렇습니다. p 값은 단순한 선형 회귀 분석을 기본 다항식 또는 비 기본 분석에서 명확하게 나온 데이터에 맞추는 것처럼 신뢰할 수 있습니다. 선형 함수. 순위 순서는 선형 관계와 일치 할 수도 있지만 그렇게하지 않을 수도 있습니다. –
따라서 직선 성의 가정을 화살표 피팅에 의해 가정 된 선형 평면이 아닌 GAM 표면 맞춤을 통해 테스트 할 수있게 해주는'ordisurf() '가 있습니다. –