빠른 평가를 읽을 때 나는 오류가

Question

내가 그렇게 잘립니다 그들 중 일부는 표시, 그러나 R.를 사용하여 Affymetrix의 CEL 파일의 큰 금액을 정상화하기 위해 노력하고있어 파일

Cel file xxx does not seem to have the correct dimensions 

그리고 정규화가 중지됩니다. 수동으로 손상된 파일을 제거하고 매번 다시 시작하는 데는 매우 오래 걸립니다. 손상된 파일을 감지하는 빠른 방법 (R 또는 도구 포함)이 있는지 알고 있습니까?

PS는 내가 동일한 플랫폼에서 함께 CELS를 정상화하고있어 99.99 % 확신, 그것은

:-) 정말 잘립니다 파일의

Answer 1

하나 개의 간단한 제안 :

방금 ​​주위에 tryCatch 블록을 사용할 수 귀하의 read.table (또는 당신이 사용하는 명령을 읽습니다)? 그런 다음 오류 메시지가 나타나면 파일을 건너 뛰십시오. catch 블록 내에서 손상된 파일 목록을 컴파일 할 수도 있습니다 (이렇게하면 큰 배치 프로세스를 실행할 때 나중에 참조 할 수 있도록 손상된 파일을 추적 할 수 있습니다). 다음은 의사 코드입니다.

corrupted.files <- data.frame() 
for(i in 1:nrow(files)) { 
    x <- tryCatch(read.table(file=files[i]), error = function(e) 
     if(e=="something") { corrupted.files <- rbind(corrupted.files, files[i]) } 
     else { stop(e) }, 
     finally=print(paste("finished with", files[i], "at", Sys.time()))) 
    if(nrow(x)) # do something with the uncorrupted data    
}