파이프 라인 용 멋진 도구를 보내 주셔서 감사합니다! 저는 명령 줄에서 잘 작동하는 파이프 라인을 가지고 있습니다 (snakemake -l --snakefile snakemake_example/sankefile_test9.txt). 나는 그것을 클러스터에서 사용할 수 있기를 원합니다. 파이프 라인은 샘플 (설정 파일에 지정되어 있음)을 취해 몇 단계의 처리
사용자가 bsub를 사용하여 LSF에서 작업을 시작했습니다. 작업 ID에서, 나는 실행 된 명령을 알 수 있지만, 해당 명령 Job <270090>, User <abhkumar>, Project <default>,
Interactive pseudo-terminal mode, Command <virtuoso>
을 찾을 수있는 방법이 있나요의 전체 경로를
명령이 bsub와 함께 제출되면 res 명령으로 프로세스를 시작합니다. 차례로 res 내가 이의 내가이 명령을 제출 한 가정 해 봅시다이 실제 명령의 PID를 알고 싶어 다른 프로세스 로 실제 명령을 시작합니다. bhist -l jobid, 우리는 res의 PID를 알 수 있지만없는 당신이 거장를 호출하는 스크립트를 실행하는 경우, 스크립트에서 거장의 PI
저는 클러스터에서 작업을 제출하는 초보자입니다. R을 사용하여 코드를 작성하고 일련의 순차 파일 이름을 실행하는 것이 목표입니다. 예를 들면. main1.R, main2.R 등등 약 100까지.이 모든 R 스크립트는 독립적 인 스크립트이고 입력 인수가 없습니다. 대신 bsub - W 24:00 -n 48 "R --vanilla --slave < main1.
쉘 스크립트에서 명령 대체에 약간의 문제가 있습니다. 전에이 스크립트를 다른 시스템에서 사용 했으므로 여기에서 무슨 일이 일어나는지 확실하지 않습니다. 변수를 설정하기 위해 명령을 묶는 것과 상관없는 것처럼 보입니다. 빈 변수가 생깁니다. 나는 그들을 묶는 많은 다른 방법을 시도했다. ($(), backticks, 따옴표). 도움이된다면 배열 작업을 제출하
이외의 다른 폴더로 출력을 보낼 LSF 파일을 작성하는 방법을 내가 fllows으로 LSF 파일이 상상해보십시오. 지금 내가 ~/code
에 기본적으로 내가 다시 하나의 폴더로 이동하고 거기에서 클러스터를 폴더로 이동 ../cluster/
에 표시 할 파일이 필요 해요 상상한다. lsf 파일에는 어떻게 써야합니까?