나는 pheatmap으로 놀고 아주 막막 해졌다. 나는 예를 들어, 수 없습니다 Error in unit(y, default.units) : 'x' and 'units' must have length > 0
그리고 그것은 잘 보이지 않는다 생산 줄거리 : library(pheatmap)
set.seed(1)
my.mat <- matrix(rnorm(
나는 pheatmap을 사용하여 매트릭스를 만들었으며이를 8 가지 분류로 재 분류 할 수 있어야합니다. 어떤 도움이라도 대단히 감사 드리며 아래에 코드를 추가했습니다. 다음과 같이 pheatmap(y, cluster_row=FALSE, cluster_col=FALSE, display_numbers=TRUE,
color=colorRampPalett
UPGMA 및 1- 피어슨 상관을 거리 통계로 사용하여 'pheatmap'기능으로 히트 맵을 만들어야합니다. 내 교수는 이것이 내 거리 매트릭으로 '유클리드'를 사용하지만 이것이 기본 거리 메트릭이라고 주장합니다. euclidian과 1-pearson 상관 관계가 동일하거나 틀린가? 그가 틀렸다면 히트 맵에 올바른 거리 측정법을 어떻게 사용할 수 있습니까?
R 패키지 pheatmap을 사용하여 히트 맵을 그립니다. 입력 행렬에서 NAs에 색상을 지정하는 방법이 있습니까? 기본적으로 NA는 흰색으로 표시됩니다. 예컨대 : library(pheatmap)
m<- matrix(c(1:100), nrow= 10)
m[1,1]<- NA
m[10,10]<- NA
pheatmap(m, cluster_rows=FAL
저는 R에 매우 익숙하며 최근에 히트 맵을 생성하기 위해 pheatmap 라이브러리를 가지고 놀았습니다. 내 문제는 히트 맵을 특정 방식으로 채색하고 싶다는 것입니다. I는 다음에 설명 할 : 값은 < 1 색 램프되어야 1과 정확히 동일한 값이 어두운 회색 값이어야 (연한 청색 예 감색)> (1)가 있어야 할 색상 램프 (빛 빨간색으로 예를 들어, 진한 빨
) R 크기로 n * k 크기의 히트 맵을 만들었습니다. i 번째 요소에 사용 된 개별 색상을 추출 할 수 있습니까? 예를 들어 n = 3 (열), k = 50 (행), n은 임의의 심각도, k는 영국의 구역을 나타냅니다. 나는이 지구에 대한 폴리곤을 가지고 있으며 전체 히트 맵과 동일한 색상을 사용하여 심각성을 기준으로 폴리곤을 채우기 위해 3 가지 맵을
큰 데이터가있는 pheatmap을 사용하고 있습니다. 나의 목적은 행과 열을 클러스터 화하고 주요 클러스터를 분석하는 것이다. 데이터 테이블을 업로드하고 다음과 같이 히트 맵을 수행합니다. library (pheatmap)
data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
pheatmap(data)
이렇게하면 내
동일한 히트 맵 맵에 다른 유형의 데이터를 결합하려고합니다. 하지만 각 하위 데이터에 대해 서로 다른 색상 집합을 사용해야합니다. 다음은 예이다 : data1 = matrix(c(1:9),nrow=3)
color1 = colorRampPalette(c('red','blue'))(max(data1))
data2 = matrix(sample(c(0:1),1
두 개의 서로 다른 csv 파일에 두 개의 행렬이 있는데, 같은 색 눈금을 갖는 행렬을 그려 봅니다. 이 내가 지금 무엇을하고 제대로 동작하지 않습니다 : 당신이 볼 수 있듯이, 두 이미지가 (파란색에서 빨간색으로) 같은 색상의 범위를 사용하지만, 그 의미는 다르다 : 그들에는 다른 간격이 있습니다. 동일한 히트 맵에서 동일한 값 범위에 같은 색을 연관시키
간단한 문제입니다 만 해결 방법을 찾을 수는 없습니다. 나는 데이터 프레임을 가지고 있으며 히트 맵을 사용하여 그 값을 pheatmap으로 표시했습니다. 이 데이터 프레임의 값 범위는 0.098에서 2.94 사이입니다. 내 데이터는 1s입니다. 1을 흰색으로 설정하고 나머지 값은 그레이 스케일로, 최대 값은 검정으로 설정해야합니다. 내 코드와 비슷한 것을