R. pheatmap in R. 클러스터를 얻는 방법

Question

큰 데이터가있는 pheatmap을 사용하고 있습니다. 나의 목적은 행과 열을 클러스터 화하고 주요 클러스터를 분석하는 것이다. 데이터 테이블을 업로드하고 다음과 같이 히트 맵을 수행합니다.

library (pheatmap) 
data<-read.table ("example.txt", header = TRUE) 
pheatmap(data) 

이렇게하면 내 데이터의 히트 맵을 얻을 수 있습니다. 내 example.txt는 다음과 같다 :

a b c d e f 
a 1 0.1 0.9 0.5 0.65 0.9 
b 0.1 1 0.39 0.83 0.47 0.63 
c 0.9 0.39 1 0.42 0.56 0.84 
d 0.5 0.83 0.42 1 0.95 0.43 
e 0.65 0.47 0.56 0.95 1 0.14 
f 0.9 0.63 0.84 0.43 0.14 1 

이 아주 바보 같은 질문 일 수도 있지만 어쨌든 나는 그것을 게시 할 수 있습니다. pheatmap (데이터)을 실행 한 후 클러스터에 해당하는 요소를 어떻게 얻을 수 있습니까? 결과를 특정 방법으로 저장하고 다른 R 패키지로 분석해야합니까?

모든 제안을 환영합니다!

는

갑, 사전에

Answer 1

잡아 pheatmap의 결과를 주셔서 감사 cutree를 사용합니다. 예를 들어, 10 개의 클러스터를 추출한다. 당신은 할 수 :

library(pheatmap) 
res <- pheatmap(mtcars) 
mtcars.clust <- cbind(mtcars, 
         cluster = cutree(res$tree_row, 
             k = 10)) 
head(mtcars.clust) 
# mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb cluster 
# Mazda RX4   21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4  1 
# Mazda RX4 Wag  21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4  1 
# Datsun 710  22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1  2 
# Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1  3 
# Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2  4 
# Valiant   18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1  3 

는 ?pheatmap, ?hclust과 도움을 ?cutree을 참조하십시오.