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차별적으로 발현 된 유전자를 확인하기위한 분석을 수행하고 싶습니다. 차별화 된 유전자를 찾기 전에 quantile normalization 또는 중간 절대 편차를 사용하여 데이터를 스케일해야합니까, 아니면 RMA를 통해 얻은 데이터에 anova를 직접 적용해야합니까? 사전에 많은anova 이전 스케일링?
A
답변
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항상, 항상 정상화
덕분에, 결과는 그렇지 않으면 단순히 비교할 수 없습니다. 표준화 기법은 주로 사용하는 마이크로 어레이 기술에 따라 다릅니다.
더 자세한 답변을 보려면 Biostar Stack Exchange site을 사용해보십시오.
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RMA 후에 ANOVA를 적용 할 수 있습니다. 배경 조정, 요약 및 양자화 표준화 단계 (see here)가 포함되어 있기 때문입니다. 비 Affy 데이터의 경우 Illumina 데이터에 대한 로그 변환/양자화 표준화 또는 VST (분산 안정화 변환)/RSN (강건 스플라인 정규화) 라인을 따르는 것이 ANOVA 이전에 사용될 수 있습니다.
이 질문에 가장 적합한 곳은 이미 지적했듯이 BioStar입니다.
그런데 RMA 이후와 ANOVA 이전의 데이터에 대해 필터링을 수행하여 분산이 낮은 프로브 세트를 제거하고자 할 것입니다. R에서 일하고 있다면 genefilter을보고 싶을 것입니다.
답장을 보내 주셔서 감사합니다. BioStar에 대해 알지 못했습니다. 정확히 내가 찾고 있던 웹 사이트입니다. – Rossella