2013-08-06 8 views
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내 정렬 파일을 bowtie 및 samtools 형식으로 둘 다 필요하므로 나중에 내 파이프 라인에서 다른 프로그램에 제공 할 수 있습니다. sam 정렬 파일을 bowtie 정렬 파일로 변환하는 데 사용할 수있는 방법이 있습니까?Bowtie 및 Sam 형식 정렬 파일 변환

대체 방법으로 정렬을 두 번 수행하고 bowtie 프로그램을 통해 각각 다른 형식으로 출력 할 수 있습니다. 그러나 이것은 너무 많은 시간을 낭비합니다.

답변

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구체적인 방법은 모르지만 bowtie에서 SAM을 가져온 다음 SAM에 모든 정보가 있으므로 bowtie 형식으로 변환합니다. 당신은 awk를 사용하는 간단한 명령 linux로 할 수 있습니다.