정확한 일치를 확인하기 위해 blastn을 사용할 수 있습니까?

Question

검색어와 일치하는 주제가 어디인지, 그리고이 일치도가 100 %인지를 알아야합니다. blastall을 사용하여이를 수행 할 수있는 방법이 있습니까?

감사합니다.

Answer 1

매핑 정확도를 100 %로 제한 할 수는 없지만 -evalue 인수를 사용하여 E 값에 대한 엄격 성을 높일 수 있습니다. 즉 매우 작은 E 값을 사용합니다.

이

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

이 8 열 곳으로 표 형식으로 출력을 반환합니다 매핑 당신이 이와 같은 사용자 정의 출력 형식을 사용할 수 있습니다 좌표로 그뿐만 아니라,뿐만 아니라 주제 아이디 또는 가입 번호를 다시 돌아갑니다 : qacc 쿼리 가입이며, sacc 주제의 가입은, sseqid 주제 서열-ID, evalue는 qstart, 정렬의 E 값입니다 및 qend 쿼리 시작하고 끝 매핑은 정렬 및 sstart 및 send 주제 시작 좌표 정렬을위한 끝 매핑 좌표. 예를 들어 blastn 통화에 모두 함께 퍼팅 :

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

blastn -help는 당신에게 사용자 정의 출력 형식에 더 많은 옵션을 제공 할 것입니다.