필자는 극도로 숙련 된 프로그래머가 아니라고 말하면서 언급하지 말아야 할 단계를 완전히 지정할 수 있다면 크게 감사하겠습니다. 내가 Cytoscape를위한 플러그인 개발의 초기 단계에서 현재 오전 , 나는 내가 외부 라이브러리 로 cytoscape.jar 추가 한 다음 이클립스에서 자바 프로젝트를 생성했을 내가 추가 한 : "프로그램 인수" 나는 실행 시도
networkx를 사용하여 그래프 레이아웃을 생성하고 싶습니다. 이 레이아웃을 cytoscape으로 전송하고 거기에 그릴 수 있습니까? 나는 단순히 import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
나는이 WGCNA 다음과 같은 문제 - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ 는 1.6 절에서 작업, 외부 소프트웨어로 네트워크의 수출 (Cytoscape) 나는 현재 수행하기 위해 노력하고있어 WGCNA를 일련의 유전자에 적용하면
RCytoscape 패키지를 사용하여 네트워크를 R에서 cytoscape로 내보내려고했습니다. 설명서를 따르려고했지만 실패했습니다. 다음 Iused 명령입니다 : data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <- liver.toxicity$clinic
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp
저는 XML (특히 XGMML)을 작성하고 작성하는 데 lxml (2.2.8)을 사용하고 있습니다. 를 읽어 될 것 app 분명히 상당히 fussy과 함께 최상위 수준 요소를보고 싶어 : <graph label="Test" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:xlink="h
ttp://www.w3.or
각기 다른 네트워크를 지정하는 ~ 100 * .xgmml 개의 파일이 있습니다. 각 입력 파일에 대해 Cytoscape를 통해 PNG 이미지 파일을 생성하는 과정을 자동화하는 방법은 무엇입니까? 합니다 (Cytoscape 명령 줄 옵션은 일부 파일을로드 할,하지만 이미지 파일로 네트워크를 내보내는가 표시되지 않습니다 있습니다.)