R bioconductor 게놈 패키지 설치

저는 seqplots라는 도구를 사용하여 일부 시퀀싱 데이터를 분석하려고했습니다. 이 도구는 생체 컨덕터를 통해 실행되며 게놈 패키지를 설치해야합니다.R bioconductor 게놈 패키지 설치

것은,이 패키지를 설치 R을 시작하고 입력 : :이 bioconductor 웹 사이트는 다음 설치 지침을 제공
: 나는 R 터미널이를 입력하면

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")`

나는 다음과 같은 수

BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), R 3.2.4 Revised (2016-03-16 
r70336). 
Installing package(s) ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 
installing the source package ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6_1.4.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 34147677 bytes (32.6 MB) 
downloaded 32.6 MB 

'\\icnas4.cc.ic.ac.uk\gaughey' 
CMD.EXE was started with the above path as the current directory. 
UNC paths are not supported. Defaulting to Windows directory. 
* installing *source* package 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
*** arch - i386 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
*** arch - x64 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64' 
* removing '\\icnas4.cc.ic.ac.uk/gaughey/R/win-library/3.2/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 

The downloaded source packages are in 
    ‘C:\Users\gaughey\AppData\Local\Temp\Rtmpcdmz8E\downloaded_packages’`

나는 유사한 결과를 가진 다른 게놈을 설치하려고 시도했으며,이 문제를 해결하기 위해 무엇을해야 할지를 놓치고 있습니다. 누구든지 도움이 될 수 있습니까? 아주 간단한 것을 간과 할 가능성이 있습니다 - 저는 R (또는 그 문제에 대한 프로그래밍)을 가진 완전한 초심자입니다. 어떤 도움을 주시면 감사하겠습니다.

덕분

출처

2016-09-23 G. Aughey

R 버전과 생물 도체를 업데이트 해보십시오. 나는 아무 문제없이 설치할 수 있었고'Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.3), R 3.3.1 (2016-06-21) .'을 사용하고 있었지만'Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3) R 3.2.4 개정. – Vandenman

같이 Seens 가브리엘 같은 문제 here, here 및 here을 설명한다.

Windows 컴퓨터에서 R을 사용해 본 경험이 없지만 도움이되기를 바랍니다.

출처

2016-09-24 11:28:57 taniguti

의견을 보내 주셔서 감사합니다. 예, 문제는 R이 네트워크 드라이브를 사용하려고하는 것과 관련이있는 것처럼 보입니다. –

불행히도, 지금 내가 문제를 이해하고 있지만, 나는 당신의 링크에있는 해결책을 이해하기에는 너무 많은 단순한 것처럼 보이는 것처럼 그것을 고치기 위해 더 가깝지 않습니다! 저를위한 제일 해결책은이 특정한 공구를 위해 나의 가정 기계를 사용하기위한 것 같다. –

biocLite(pkgs = "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", dependencies = TRUE)을 시도하기 전에 biocLite("BSgenome")과 library(BSgenome) (특정 생물체의 전체 게놈 서열을 저장)을 실행해야합니다.

출처

2016-10-01 19:23:57 Facottons

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