나는 웹 페이지를 불러올 스크립트를 작성하려고하고있다. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode = 트리 & ID는 = 7742 & LVL = 3 & 린은 & 킵 = 1 & srchmode = 1 & 잠금 해제)을 스캔 한 다음 각 중첩 된 분류 학적 그룹 내에서 주문, 가족, 속, 종을
몇 가지 인간 단일 염기 다형성 (SNPs)으로 시작하여 1000 SNPS의 목록 (data.table 또는 csv 파일)을 생성 할 수있는 모든 알려진 SNPS 데이터베이스를 어떻게 쿼리 할 수 있습니까? SNP는 tagSNP이고, MAF (minor allele frequency)는 무엇이며 시작 SNPS로부터 얼마나 떨어져 있습니까? R에서이 작업
나는이 WGCNA 다음과 같은 문제 - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ 는 1.6 절에서 작업, 외부 소프트웨어로 네트워크의 수출 (Cytoscape) 나는 현재 수행하기 위해 노력하고있어 WGCNA를 일련의 유전자에 적용하면
런타임에 내 코드는 종종 mate 메서드에 대해 정의되지 않은 메서드 오류가 발생합니다. 내가 생각할 수있는 한, Person은 어떻게 든 코드 excution을 따라 언제든지 균열을 통과하여 allele이 할당되지 않도록 관리합니다. 코드 (가장 좋은 포맷되지 면책 조항) : class Allele
attr_accessor :c1, :c2
일부 유전자 분석에서 COLONY이라는 프로그램을 사용하고 있습니다. 식민지에는 R 패키지 (rcolony)가 있습니다. 내가해야 할 일은 텍스트 파일을 "C :/GenSoftware/Colony/datFiles"디렉토리에서 다른 디렉토리 ("C :/GenSoftware/Colony /")로 이동하는 것입니다. 이름을 "Colony2.dat"로 변경하십시오
저는 start와 stop으로 위치 데이터베이스를 만들려고합니다. 기본적으로 1D 축에 선이 있습니다. 주어진 간격과 겹치는 모든 위치를 효율적으로 쿼리하려고합니다. 기존 테이블에서는 쿼리에 두 개의 부등식이 필요하므로 인덱싱 할 수 없습니다. R-Tree 인덱스를 사용할 수도 있지만 다차원 범위 쿼리를 위해 설계된 것처럼 보입니다. 축에 선을 저장하는 더
데이터베이스에 새 테이블을 만들어야합니다. 형태에서, 나는 데이터베이스에 정보를 보내려고 : -Gene name
-Chromosome
-Sequence
-Organism
을 다른 한편으로는, 나는 user id, user name 및 password와 다른 테이블 (표 1)을 가지고있다. 따라서 정보를 구성하기 위해 6 개의 테이블을 추가로 만들려
나는 잠시 동안이 질문에 대한 해답을 찾고있다. 처음에는 해결하기가 어려울 것 같았지만 지금은 상당히 어려워 보입니다. SNP (rs #) 목록을 제출하고이 마커가 매핑되는 유전자의 목록을 다시 찾는 방법을 찾고 있습니다. 지금까지 SNP를 질병, 경로 등에 매핑하는 방법이 많았습니다. 유전자를 사용하여 대표 SNP리스트를 얻는 방법이있었습니다. 또한 저는
250,000 개가 넘는 레코드가있는 유전체 데이터가 포함 된 300GB 텍스트 파일이 있습니다. 불량 데이터가있는 일부 레코드가 있으며 우리의 유전체 프로그램 'Popoolution'을 사용하면 별표가있는 "나쁜"레코드를 주석 처리 할 수 있습니다. 문제는 우리가 나쁜 레코드를 주석 처리 할 수 있도록 데이터를로드 할 텍스트 편집기를 찾을 수 없다
GeneR 라이브러리 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneR.html)를 설치하려고합니다 : 저는 win7을 사용하고 있습니다. 최신 R 2.14.2. 설치하는 동안 오류 : > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
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