저는 R에 비교적 익숙합니다. R에서 안수 방법을 수행하는 방법에 대해 머리를 쓰려고 노력 중이므로 다른 소프트웨어를 사용할 필요가 없습니다. 나는 종 대신에 환경 요인을 가진 PCA를 얻으려고 노력하고있다. 나는 토지 이용과 관련하여 질적으로 다른 사이트를 보유하고 있기 때문에 (색이 다른) 최종 플롯에서 그 차이를 보여줄 수 있기를 원했습니다. 그러므로
비건 채식 패키지를 사용하여 커뮤니티 유사성을 분석하는 NMDS를 그려 봅니다. 이 서로 다른 치료를 포함하는 지역 사회의 행렬을 기반으로합니다 NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)
이 사람이 어떻게 치료에 반응하는 방법을 개별 종 보여 화살표를 그릴 수있는 방법을 가르쳐 주시겠습니까?
환경 변수 모음과 관련하여 다이어트 성분 데이터 (먹이 계산)에 대해 Canonical Correspondence Analysis를 실행하려고합니다. (envvar). 모든 행 0보다 큰에 모든 열 합계,하지만 난이 오류 메시지가 점점 계속 : 나는 더블, 트리플하여 NAS 또는 빈 열/행에 대한 prey.counts의 dataframe를 확인하고 그들 중
아래 스크립트를 사용하여 종을 표시하는 Detrended correspondence analysis (DCA)를 만들었지 만 사이트를 추가하려고합니다. 간단한 스크립트 인 plot(vare.dca)으로이 작업을 수행 할 수 있다는 것을 알고 있지만 일단 그래픽을 개선 한 후에는 어떻게해야하는지 잘 모릅니다. 나는 R에게 매우 익숙하다. 이것이 매우 간단한
문제 : 나는 veganpackage에서 linestack 플롯을 사용하고 있습니다. 데이터/레이블의 수가 많으면 플롯이 잘립니다. 재현 할 예 : library(vegan)
linestack(x= 1:100, labels = 1:100)
질문 : 어떻게 모든 값/라벨 (1시 13분 85 : 100)를 포함하여 전체 플롯 얻을 수있는 작물하지 않고 있
를 통해 NMDS에 대한 타원 특정 모양과 선 종류를 추가 Color-coding 95% confidence ellipses for centroids 내가 ggplot 내 NMDS 플롯을 위해 성공적으로 오버레이 신뢰 타원을 관리 할 수 있습니다. 내 네 가지 처리를 구별하기 위해 플롯에서 데이터 요소의 색상과 모양, 타원의 색상과 선 종류를 지정하고
phyloseq 패키지로 만든 플롯을 수정하고 싶습니다 (github에서 다운로드). Phyloseq 플롯은 ggplot2 객체이므로 ggplot2 객체를 phyloseq로 만든 객체에 추가하여 요소를 추가 할 수 있다고 생각합니다. 어떤 경우에는 이것이 작동하지만 다른 곳에서는 그렇지 않습니다. 왜 그런지 이해하지 못합니다. 예를 들어 : require(
나는 R에 다소 익숙하다. 그래서 나의 기본적인 질문을 용서해라. 전 데이터 세트 (358 개 사이트, 40 개의 비 생물 매개 변수, 100 종 관찰)에서 CCA를 수행합니다. library(vegan)
env <- read.table("env.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",")
otu <- read.tabl
vegan 패키지의 adonis 기능을 사용하여 여러 다른 요소 사이의 커뮤니티 (PCB 동종자)의 차이점을 확인할 수 있습니다. 또한 simper 서브 루틴을 사용하여 관찰 된 차이점에 가장 많은 공헌을 한 커뮤니티 회원을 평가하기로 결정했습니다. simper 함수에 여러 요소를 포함 할 수있는 방법이 있습니까? 이 adonis 모델 (아래 참조)을 실행
나는 100 개의 화학 종을 포함하는 데이터 세트를 가지고 있으므로 플롯을 작성하는 것은 매우 어렵습니다. 그래서 저는이 종의 일부를 골라내어 RDA 계획에 그려보기를 원합니다. 이 같은 코드는 모양이 guideline 을 다음되었습니다 ## load vegan
require("vegan")
## load the Dune data
data(dune,