hierarchical-clustering

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파이썬에서 히트 맵의 계층 적 클러스터링

0에서 20까지의 값을 가진 NxM matri가 있습니다. Matplotlib 및 pcolor를 사용하여 쉽게 히트 맵을 얻을 수 있습니다. 이제는 scipy를 사용하여 계층 적 클러스터링과 덴 드ogram을 적용하고 싶습니다. 클러스터링 결과에 따라 어떤 요소가 유사한 지 보여주기 위해 각 차원 (행과 열)을 다시 정렬하고 싶습니다. 크기가 다른 경우 c

python matplotlib heatmap hierarchical-clustering dendrogram 2014-10-17

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scikit-learn 집계 클러스터링 및 연결

scikit-learn에서 AgglomerativeClustering을 사용하여 장소의 클러스터 지점을 사용하려고합니다. 점은 _XY에 저장된 좌표 (X, Y)로 정의됩니다. 클러스터는 C = kneighbors_graph(_XY, n_neighbors = 20)에 의해 정의 된 연결 매트릭스를 통해 몇 개의 이웃으로 제한됩니다. 일부 클러스터는 이웃 클러

scikit-learn connectivity hierarchical-clustering 2014-10-28

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팬더가있는 파이썬에서 계층 트리 만들기 및 그래프

그래서 나는 판다 데이터 프레임에 계층 적 정보를 저장했으며이 정보를 기반으로 계층 적 트리를 구성하고 시각화하고 싶습니다. [ '문', '클래스', '주문', '가족', '속', '종', '아종'] - 예를 들어 내 DataFrame의 행은 열 제목을 가지고 그리고 각 'Subspecies'가 고유 한 문자열이고 트리에서 나뭇잎이어야하는 각 행이있는 트리

python matplotlib pandas tree hierarchical-clustering 2014-10-01

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계층 적 클러스터링에서 클러스터 센터를 찾기위한 MATLAB 코드

계층 적 클러스터링에서 클러스터 센터를 찾으려고합니다. 아래는 내가 사용하는 코드입니다. 그러나 이것은 각각의 관측치에 대한 클러스터 번호 만 반환합니다. c = clusterdata(input,'linkage','ward','savememory','off','maxclust',10); 나는 다차원 데이터 (32 차원)를 다루고있다. 어떤 아이디어 나

matlab hierarchical-clustering 2014-10-11

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sklearn에서 나무를 가로 지르는 방법 AgglomerativeClustering?

나는에서 NumPy와 텍스트 파일 배열이 있습니다 https://github.com/alvations/anythingyouwant/blob/master/WN_food.matrix 그것은 용어와 서로 사이의 거리 행렬의를, 용어의 내 목록과 같은 수 있습니다 : http://pastebin.com/2xGt7Xjh 내가 계층 클러스터를 생성하기 위해 다음과 코

python machine-learning scipy scikit-learn hierarchical-clustering 2014-12-09

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Scipy 계층 적 클러스터링의 수준에서 프래 밍 dendrogram

Scipy 계층 적 클러스터링을 사용하여 다음과 같은 방식으로 클러스터되는 많은 데이터 요소가 있습니다. 내가 '1500'레벨에서 덴도 그램을 제거하고 싶다고합시다. 그렇게하는 방법? 모든 하위 다음, 클러스터 노드가 color_threshold 미만인 경우, the scipy documentation에 지정된대로 Z = dendrogram(linkage_

python scipy hierarchical-clustering 2014-10-28

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효율적인 닥트 그램 컷 알고리즘

나는 계층 적 클러스터링을위한 알고리즘과 C#에서 굳이 그램을 그리기위한 간단한 방법을 구현했다. 이제는 멍멍 (dendrogram) 컷오프 (dendrogram cutoff) 방법을 추가하고 텐드 그램 가지 (dendrogram branches)를 채색하기위한 또 다른 방법을 추가하려고합니다. 이를 수행하는 효율적인 알고리즘은 무엇입니까? cutoff 메

hierarchical-clustering dendrogram 2014-12-28

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계층 적 클러스터링에서의 거리 계산 "완전한"연결

SciPy Hierarchical Clustering이 어떻게 dendogram에서 원점이나 클러스터 사이의 거리를 계산하는지 이해할 수 없습니다. import scipy.cluster.hierarchy as hclus import numpy import cPickle distmatrix = cPickle.load(open("mydistmatrix.

python scipy hierarchical-clustering 2014-11-11

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Ruby를 사용하여 1 차원 k-means 클러스터링을 만드는 방법은 무엇입니까?

내 질문은 : 내가 수행 한 찾기 위해 가능한 루비 보석을 통해 검색 한 클러스터링 케이를-의미한다. 나는 꽤 많이 발견했습니다 : kmeans, kmeans-clustering, reddavis-k_means 및 k_means_pp. 내 문제는 1 차원 k-means 클러스터링을 다루는 보석이 없다는 것입니다. 그들은 모두 같은 입력을 기대 : [[1,

ruby machine-learning cluster-analysis k-means hierarchical-clustering 2015-01-04

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hclust를 수행하기 위해 다음과 같은 유사 매트릭스를 거리 매트릭스로 변환하는 방법은 무엇입니까?

hclust를 사용하여 그래프의 노드 (C1, C2, C3 ...)를 클러스터링하려고하는데, 내 유사성 메트릭은 노드 간의 링크 수입니다. 제가 c = matrix(c(0,1,3,1,0,5,3,5,0), nrow=3, ncol=3) 같은 데이터를 기본적으로이 유사도 행렬 C1 C2 C3 C1 0 1 3 C2 1 0 5 C3 3 5 0 이 C1

r cluster-analysis hierarchical-clustering hclust 2014-11-18

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