pbs

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작업이 끝나면 실행 중 특정 시점에서 필요한 최대 거주 크기를 어떻게 알 수 있습니까? 은 (는/usr/빈/시간하려했으나 서버에 설치되지 않음) 감사합니다!

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작업 제출이 PBS로 관리되는 원격 클러스터에서 많은 작은 컴퓨팅 작업을 실행합니다. 일반적으로 PBS (bash는) 스크립트에서 나는 명령 #PBS -q <queue_name> 나는 특정 큐의 부하에 따라 선택해야 할 작업 큐를 통해 작업을 제출하려는 큐를 지정합니다. 내가 작업을 제출하기 전에 때마다, 나는 터미널 나에게 Queue Memory CP

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실행 시간 동안 MPI pbs 출력 파일을 사용할 수 있습니까?

프로그램을 실행 중이며 디버그 모드를 사용 중입니다. 디버그 모드 프로그램에서 몇 가지 유용한 정보를 출력하고 실행 중에 확인하고 싶습니다. 그러나 출력 디렉터리에있는 출력 파일을 찾을 수 없습니다. 코드를 사용할 수 또는 코드 끝에 그것을 얻을 수 있습니다. Job Id: 420302.kavun-ib Job_Name = pKmeans Job_Owner

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PBS 배치 스크립트 파일에 C++ 파일/함수 이름 정의

C++에서 일괄 처리 중이며 PBS 스크립트 파일 (아래 참조)에 .cpp 파일 이름을 정의 할 수 있는지 여부를 알고 싶습니다. 예를 들어 내 .cpp 파일 중 하나에 대해 병렬 OpenMP 버전 (func_parallel.cpp)과 직렬 버전 (func_serial.cpp)의 두 가지 버전이 있습니다. 아래 두 파일을 닮은 두 개의 스크립트 파일을 갖고

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완성 된 PBS 또는 Torque 작업에 대한 정보를 얻는 방법은 무엇입니까?

완료된 작업의 ID가 있습니다. 실행 시간, 할당 된 노드 등과 같은 자세한 정보를 어떻게 확인합니까? 나는 SGE가 그것을위한 명령을 가지고 있음을 기억한다 (qacct?). 하지만 PBS 나 Torque에서 찾지 못했습니다. 감사.

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시간이 지남에 따른 PBS 작업의 메모리 사용량

시간이 지남에 따라 작업의 메모리 사용량을 측정하고 싶습니다. 현재 메모리 사용량을 얻으려면 qstat -f <job id>을 사용할 수 있음을 이해합니다. 그러나 시간이 지남에 따라 메모리 사용을 추적하는 방법이 있습니까? 아마도 나는 폴링을 유지하고 시간이 지남에 따라 측정치를 기록 할 수있는 bash 스크립트를 작성할 수있다.

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PBS/Torque에 SGE 작업 제출

안녕하세요 SGE 작업을 제출하기 위해 원래 작성된 소프트웨어 파이프 라인 (광범위한 bioinformatic annotation 도구)을 설정하고 있지만 PBS/Torque 클러스터에 있습니다. 이 스크립트를 SGE에서 PBS로 변환하는 방법에 대한 아이디어가 있습니까? 또는 SGE 작업을 PBS에 제출할 수있는 소프트웨어가 있습니까? 덕분에, 웹 마커스

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중첩 된 bash 스크립트를 단일 파일/mpirun 명령으로 줄임

나는 아래의 단순화 된 2 개의 스크립트와 같은 것을 정기적으로 사용하여 당황스럽게 병렬 작업을 PBS/MPI를 통해 클러스터에 배포합니다. 커맨드를 하나의 파일로 병합하여 명확성과 혼란을 줄이려면 알고 싶습니다. 나는 bash/mpirun의 한계를 이해하는데 PBS 어레이와 같은 원래의 문제를 해결하기위한 대체 접근법을 찾는 것에 더 관심이있다. PBS

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변수 워크 플로에 대한 리소스 조정

필터 프로그램 A, B, C 및 D를 통해 실행해야하는 파일이 있습니다. A 시간은 2 시간, B, C 및 D는 각각 10 분에서 30 분까지 다양합니다. A는 대부분의 작업을 수행하며 대부분의 시간이 걸리므로 여러 프로세서를 사용하도록 최적화되어 있습니다. B, C 및 D는 단일 프로세서입니다. 모든 프로그램은 하나의 PBS 스크립트에서 순차적으로 실행됩

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Torque + MAUI PBS가 작업 이상한 시동을 걸었습니다.

Torque + MAUI 클러스터를 사용하고 있습니다. 이제 클러스터의 사용률은 ~ 10 노드/40 노드까지 사용할 수 있습니다. 많은 작업이 대기 중이지만 시작할 수 없습니다. 나는 qsub 사용하여 다음 PBS 스크립트 제출 : #!/bin/bash # #PBS -S /bin/bash #PBS -o STDOUT #PBS -e STDERR #PB