bioinformatics

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perl을 사용하여 PDB 파일 정렬

나는 한 번에 하나의 파일 만 PDB 데이터베이스를 통해 정렬하도록 Perl 프로그램을 만들려고 노력해 왔습니다. 필자가 필요로하는 것은 파일을 읽고, 패턴 매칭을 수행하며, 결과에 따라 파일 이름을 변경하지 않고 파일을 적절한 폴더로 이동시키는 프로그램입니다. #!/usr/bin/perl use File::Basename; @files = <top8

perl bioinformatics 2013-06-11

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R : 루프의 배열에 요소를 초기화하고 추가하는 방법

나는 모든 유전자에 대해 가능한 각각의 SNP에 대해 서로 다른 유전자 열과 -log(P-values)에 해당하는 열이있는 행렬을 가지고 있습니다. 그래서 행렬에는 Gene_lable, SNP 및 minus_logpval의 3 개의 열이 있습니다. 각 유전자에 대해 가장 높은 숫자의 -log(P-value)을 가진 SNP를 식별하는 코드를 작성하려고합니다.

r for-loop error-handling bioinformatics genetic 2013-06-18

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R : 인덱스

내가 좋아 처음 매트릭스 호출 입술이 행렬에 다음 [,1] [,2] [1,] 0 0 [2,] 0 0 [3,] 0 0 [4,] 0 0 [5,] 0 0 [6,] 0 0 [7,] 0 0 [8,] 0 0 [9,] 0 0 [10,] 0 0 나는 인덱스 (인덱스)의 행렬을 다음과 같이 : 결과 내가 원하는 [,1] [,2]

r bioinformatics biometrics bioconductor 2013-06-18

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R : 차이 길이의 두 행렬로부터 하나의 boxplot을 그립시키는 방법은 무엇입니까?

2 개의 행렬이 있습니다. 무언가 같이 첫 번째입니다 : [1,] 0.236644700 [2,] 0.194627400 [3,] 0.177236000 [4,] 0.131116300 [5,] 0.103220600 두 번째 행렬이다 : [1,] 3.722219e-01 [2,] 3.212364e-01 [3,] 3.112315e-01 [4,] 3.0

r matrix plot bioinformatics boxplot 2013-06-21

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어떤 프로그래밍 언어가 생체 공학에 유용합니까?

나는 생물 통계학/역학에서 경력을 쌓기를 희망하며, 현재 나의 대학교에서 계산 생물학/생물 정보학을 다루고있다. 내 미성년자 과정 중 일부는 커리큘럼의 일부로 SQL, Perl, Java, C++ 등이 있습니다. 나는 어떤 수업을 택할 것인지 자유롭게 선택할 수 있으므로, 어떤 프로그래밍 언어가 건강/의학에 대한 통계 응용 프로그램에서 가장 자주 사용되는지

programming-languages statistics bioinformatics 2013-06-22

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NDSolve (Mathematica)의 특정 매개 변수에 대한 수치 솔루션

저는 부분 미분 방정식을 푸는 솔루션을 개발 중입니다. NDSolve 및 Plot3D 기능을 사용하여 3D 플롯을 생성 할 수있었습니다. 코드 사용 대신 그래픽 표현의 NDSolve[{D[c[t, h], t] == 1*D[c[t, h], h, h], c[0, h] == Erfc[h/(2*81.2)], c[t, 0] == 1,

math wolfram-mathematica bioinformatics pde 2013-06-26

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genbank formt에서 시퀀스를 꺼냅니다

이 코드는 올바르게 작동하지만 지금은 genbank 구조가 변경 되었습니까? #!/usr/bin/perl -w #use strinct ; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Bio

perl bioinformatics bioperl genbank 2013-06-26

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pdb 파일을 체인으로 분할하는 코드

이것은 문제를 일으키는 코드입니다. 오류가 구문적인 것으로 나타나지만 그 위치 나 위치를 파악할 수 없습니까? 오류가 'while open (FILE, $ array [$ i])'문에 있지만 잘못된 것을 볼 수 없다고합니다. #! /usr/bin/perl -w $splitpdb_version = '0.01' ; use File::Basen

perl bioinformatics pdb-files 2013-06-28

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목록/배열의 요소를 단순화 한 다음 증분 식별자 a, b, c, d ....를 추가하십시오.

저는 유전 정보/생물 정보학에 보편적으로 사용되는 파일 인 .fasta 파일의 헤더를 처리하고 있습니다. DNA/RNA 서열 데이터를 저장). Fasta 파일은> 기호 (특정 정보를 제공)로 시작하는 헤더를 가지고 있으며 그 다음에 헤더가 설명하는 다음 줄의 실제 순서 데이터가옵니다. 시퀀스 데이터는 무한정 확장되어 다음 헤더와 그 다음의 순서가 뒤 따른다

arrays perl for-loop replace bioinformatics 2013-07-03

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나는 다음과 같은 파일에 11 개 컬럼의 각을 추출하려고 시도하고 여러 열

텍스트 파일을 구문 분석 : http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/TSGene/Human_716_TSGs.txt 을 ... 초급 수준의 대학 생물 정보학 프로젝트에 대한 스칼라의리스트로. 아래에서 보는 나의 노력은 효과적이지만 완벽하지는 않습니다. 왜냐하면 열 사이에 공백의 양이 다양하기 때문입니다 (자세한 내용은 파일의 맨 위를보십시

perl bioinformatics 2013-07-03

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