나는 DNA Origami를 배우며 DNA Origami strutures를 만들기 위해 cadnano을 발견했습니다. 나는 간단한 DNA 종이 접기 Strutures [녹색 삼각형]를 그릴 수 있었지만 복잡한 DNA 종이 접기 strutures [레드 스타]를 만드는 데 어려움을 겪고있었습니다. 당신은 내가이 strutures [레드 스타]를 사용하여 c
저는 로컬 (호스트되지 않음)이 될 javascript/html을 사용하여 사용자에게 유기체의 일부 이름과 폴더 위치를 묻는 내 R 스크립트에 UI를 작성하고 있습니다. 나는 지금 막 입력해야하고 실행 가능한 R 스크립트를 전달하는 두 개의 텍스트 상자가 있습니다. 원래이 UI는 매우 사용자 친화적 인 옵션으로 작성되었지만 천천히 나는 사용자의 단어를 완성
내 생물 정보 워크 플로는 의 '-j'옵션을 사용하여 데이터를 병렬로 처리합니다.. mutations.tsv : file1.data file2.data file3.data
find-mutations $^ > [email protected]
file1.data: raw1.txt
(....)
(...)
mutations.tsv는
.smiles 파일을 작업 중입니다. .smiles 파일의 파일 구조는 다음과 같습니다. http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_file_format#SMILES 미소 파일에서 모든 원자를 얻고 싶습니다. 그것은 하나의 'C'원자가있는 경우 4 개의 'H'원자가 연결될 것임을 의미합니다. 파이썬에서 미소 형식을 구문 분석 할 수
저는 약 500 개의 단백질 시퀀스를 fasta 포맷으로 가지고 있습니다. blastp 검색에서 얻었습니다. 이 서열들로부터 단백질 이름, 유기체, Uniprot ID, 가능하다면 단백질 패밀리가 필요하므로 그 정보를 가지고 테이블을 만들 수 있습니다. 파이썬을 사용하여 수행 할 수있는 방법이 있습니까? 일부 기능 Uniprot와 comunicate? fa
에서 테이블 만들기 이전에 이와 비슷한 질문을했지만 이전 솔루션으로 문제가 해결되지 않았습니다. 나는 주변에서 궁금해하고 있었지만, 아무 것도 제대로 작동하지 않았다. 나는 500 개가 넘는 시퀀스가있는 fasta 파일을 가지고 있는데, 그 파일에서 나는 테이블을 만들어야하므로 복사 - 붙여 넣기 대신 수동으로 스크립트를 작성하려고한다. Biopython을
하나의 ID 열을 포함하는 텍스트 파일 (이름이 ids.file)을 읽을 수있게 훌륭하게 작동하는 기존의 perl one-liner (Edwards 연구소에서)를 가지고 있으며 특별히 형식이 지정된 두 번째 텍스트 파일 (이 예에서 fasta.file은 생물 정보학을 알고있는 사람들을위한 "fasta"형식으로되어 있음) 첫 번째 파일의 ID와 일치하는 시퀀
저는 RNAseq 분석의 기본 작업 과정을 배우려고합니다 : 읽기 정렬을 평가하는 것부터 읽기를 계수하여 유전자 발현 수준을 측정하는 것까지, 읽기를 게놈으로 정렬하는 것입니다. 이론적으로 각 단계를 설명하는 여러 출처를 보았습니다. (필자는 논문, 웹 사이트 등을 살펴 봤습니다.) 사용 방법에 대한 실질적인 지침을 찾을 수 없습니다. 정렬 등을 평가하십시
생물체 내에서 화학 물질의 엄청난 목록과 전구체 화학 물질 및 생성 된 화학 물질에 대한 데이터가 있습니다. 저는 나무 구조가 적절할 것이라고 생각했습니다. 각 화학 물질은 노드이고, 각 부모는 전구체이며, 각 어린이는 제품입니다. 각 노드에는 하나 이상의 부모 또는 하나 이상의 자식이있을 수 있습니다. 따라서 혼란스러워합니다! 그러나이 구조의 주요 기능은