bioinformatics

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    excel에서 ID 목록을 사용하여 fasta 형식으로 NCBI의 시퀀스를 저장합니다.

    저는 python을 사용하여 매우 새롭습니다. 그러나 나는이 문제에 붙어있어 당신이 내가 빠진 것에 대해 뒷모습을 줄 수 있기를 바랍니다. excel 파일에 유전자 ID 목록이 있는데 xrld 및 biopython을 사용하여 시퀀스를 검색하고 내 결과를 텍스트 문서로 저장하려고합니다 (fasta 형식). 지금까지, 내 ​​코드를 사용하면 쉘에서 결과를 볼
    parsing bioinformatics biopython 2012-06-02

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    프로파일 링 SVM (e1071) in R

    저는 R 및 SVM에 익숙하지 않으며 기능을 e1071 패키지에서 프로파일하려고합니다. 그러나, 입력 데이터의 크기를 다양하게 변화시키는 좋은 프로파일 링 범위를 얻을 수있는 큰 데이터 세트를 찾을 수 없습니다. 누구든지 svm을 어떻게 일하는지 알고 있습니까? 어떤 데이터 집합을 사용해야합니까? svm에 대한 특정 매개 변수가 더 어려워 질까요? 성능을
    r statistics machine-learning bioinformatics svm 2012-06-13

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    누구나 파이썬에서 Akando 모듈과 Dancer 모듈에 대해 알고 있습니까?

    는 파이썬에 새로운 오전 그리고 그 두 모듈이 작동하는 방법, 사람이 그 두 모듈에 대한 모든 참조 사이트를 알고 할 궁금 Akando 모듈 및 댄서 모듈 으로 지정을 얻었다. Bioinfomatics와 함께 scipy와 relavent의 밑에 같이 보인다.
    python scipy bioinformatics 2012-06-14

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    2 개의 샘플과 복제물의 상관 관계

    2 가지 조건에서 200 개의 유전자에 대한 발현 값 (log2)을 가지며, 각 조건에 대해 20 복제본을 갖는다. 각 유전자의 각 조건 사이의 상관 관계를 계산하고 가장 높은 순위부터 가장 낮은 순위까지 ​​순위를 매기고 싶습니다. 이것은 생물 통계 문제의 문제이지만, 아직도 많은 사람들이이 문제에 직면 해있는 생물 학자/바이오 프로그래머에게 중요한 문제
    python r bioinformatics 2012-06-15

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    대규모 데이터 세트의 경우 R에서 목록의 인덱스를 이름 (또는 다른 속성)으로 전환합니다. (iGraph)

    R에서 그래프 객체 (igraph 패키지)로 작업하고 있습니다. 주어진 꼭지점에서 그래프의 다른 모든 꼭지점까지 최단 경로를 제공하는 "get.shortest.paths()"함수를 적용합니다 . 알고리즘은 목록의 각 요소가 대상 정점에 해당하는 목록을 반환하며 원본과 대상 사이의 최단 경로에있는 모든 정점의 정점 색인을 포함합니다. 예를 들면 다음과 같습니
    r memory-management bioinformatics shortest-path igraph 2012-06-16

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    스트랜드 특유의 tophat/cufflinks

    조립할 스트랜드 특유의 RNA-seq 라이브러리가 있습니다 (Illumina). TopHat/Cufflinks를 사용하고 싶습니다. TopHat의 매뉴얼에서 다음과 같이 말합니다 : "- library-type TopHat는 읽기를 strand specific으로 취급합니다. 모든 읽기 정렬에는 XS 속성 태그가 있습니다. 아래의 라이브러리 유형 옵션을 제
    bioinformatics 2012-06-19

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    FASTA 정확한 일치에 대한 정확한 수를 얻으려면 어떻게해야합니까?

    난 패턴 wTTTAYRTTTW을 검색해야 여기서 게놈 서열의 FASTA file에 W = A 또는 T, Y = C 또는 T, R = A 또는 R. 정확히 일치하는 문자열 및 위치가 일치해야합니다. 내 방법은 다음과 같습니다이 코드에 의해 발견 #!user/bin/perl -w use strict; my @name = qw(NC_004314.2_10);
    perl bioinformatics fasta 2012-06-20

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    Picard SamToFastq는 읽기 하나만 추출한 다음 오류가 발생합니다.

    bam 파일에서 일부 FastQ 파일을 추출하려고합니다. Picard는 SamToFastq로이 작업을 수행 할 수 있습니다.이 도구의 설명서에는 bam 또는 sam 파일 중 하나가 허용됩니다. 하지만 실행하면 읽기 하나만 추출한 다음 종료됩니다. 다음은 오류 메시지입니다. 어떤 도움을 주셔서 감사합니다. 그것이 나오는 것에 따라 [[email protect
    bioinformatics dna-sequence fastq picard 2012-06-20

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    Cygwin에서 커프스 링크를 설치하는 방법

    Cygwin을 사용하여 Windows 7 시스템에 커프 링크 2.0.1을 설치하려고합니다. Make 명령까지 모든 설치 단계를 완료했지만 make 명령은 어떤 이유로 실패합니다. 나는 왜 누군가가 저에게 말할 수 있는지 궁금 해서요. 나는 부스트 버전 1.50 먼저 사용하고, 여기에 내가 구성 파일을 실행할 때 발생하는 내용은 다음과 같습니다 Benjami
    windows boost makefile cygwin bioinformatics 2012-07-03

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    Perl : 배열에서 증가하고 감소하는 스트립 가져 오기 (Bioinformatics에서 사용)

    저는 Perl을 처음 접해서 Perl의 특정 기능을 설계하는 데 어려움을 겪고 있습니다. 함수는 모든 증가 및 감소 스트립을 찾아 반환해야합니다. 그게 무슨 뜻입니까? 두 위치는 인접한 숫자 인 경우 이웃입니다. 즉 (2,3) 또는 (8,7)이다. 증가하는 스트립은 이웃들의 증가하는 스트립입니다. 즉 (3,4,5,6)이다. 줄이기는 비슷하게 정의됩니다. 모
    perl bioinformatics 2012-05-19
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