bioinformatics

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RegEx : Python에서 샘플 코드를 빌드하는 모든 가능성 나열

reg-ex 표현식을 사용하여 가능성을 나열 할 수있는 코드를 작성하려고합니다. 이 표현은 조금 다릅니다, 각 문자는 예를 들어 제한된 그래서 단백질, 대표 : 나는 모든 가능성을 게시하면 이것은 기본적으로 의미 [IG]...D.SG 를, 내가 좋아하는 뭔가를 얻을 : 첫 글자 내가 하나가 될 수 있습니다 또는 G이면 두 번째 글자는 20 개의 단백질

python regex bioinformatics 2012-03-12

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.fasta 시퀀스를 읽어서 뉴클레오티드 데이터를 추출한 다음 TabDelimited 파일에 쓰기

계속하기 전에 나는 독자들에게 Perl에 관한 이전의 문제에 대해 독자들을 소개 할 것이라고 생각했다. 이제 How do I average column values from a tab-separated data...(해결) Why do I see no computed results in my output file?(해결) Using a .fasta file

perl bioinformatics base sequences fasta 2012-03-17

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해시 (깊이 n)의 해시를 만들고 탐색하면 깊이 n의 값이 정수가됩니까?

설명 된 데이터 구조에 크기 n의 DNA 시퀀스를 저장하려고합니다. 각 해시에는 해시 값을 가질 키 C, G, A, T가 포함될 수 있습니다. 이 해시 값은 해시 값을 가질 C, G, A, T의 네 가지 키가 있습니다. 이 구조는 n 수준의 해시와 일치합니다. 그러나 해시의 마지막 레벨은 정수 값을 가지며 레벨 1에서 레벨 n까지의 시퀀스 수를 나타냅니다.

perl hash bioinformatics 2012-03-20

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PLink를 사용하여 중복 된 SNP를 제거하려면 어떻게합니까?

나는 게놈 전체 데이터를 분석하기 위해 PLINK과 일하고 있습니다. 중복 된 SNP를 제거하는 방법을 아는 사람이 있습니까?

bioinformatics 2012-03-25

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최대 간격 길이를 갖는 전역 쌍으로 배열 정렬 3

두 개의 시퀀스를 선형 간격 페널티로 전체적으로 정렬하려고합니다. 문제는 지금까지 똑바로 전달됩니다. 그러나, 최대 허용 갭 길이가 ---, BB 허용 되나 을 ---- B ACDDABB AA 예를 들어 3입니다 ADCCCB은 아니다 허용. 내 질문은 어떻게이 문제에 대한 반복 관계를 구성 할 수 있습니다. 저는 분자 생물학 선임이며 교수님의 제안에 따라

java algorithm sequence dynamic-programming bioinformatics 2012-04-01

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파이썬에서 subprocess.call을 사용하는 멀티 파일 stdin (bowtie 용)

파이썬에서 스크립트의 subprocess.call 연산자를 사용하는 데 어려움을 겪고 있습니다. 파이프 라인 프로그램 (bowtie)을 여러 번 실행 한 다음 다른 방법으로 출력을 사용해야합니다. 이를 위해 subprocess.call을 사용하고 있습니다. 문제는 bowtie가 입력 파일 2 개, 색인 및 텍스트 파일을 가져오고 둘 다 stdin 매개 변수

python bioinformatics subprocess 2012-04-03

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정확한 일치를 확인하기 위해 blastn을 사용할 수 있습니까?

검색어와 일치하는 주제가 어디인지, 그리고이 일치도가 100 %인지를 알아야합니다. blastall을 사용하여이를 수행 할 수있는 방법이 있습니까? 감사합니다.

bioinformatics blast 2012-04-04

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C : parse char 문자로 구분 된 배열을 정수로 변환하고 숫자를 정수로 바꿈

시퀀스 정렬 프로그램 (이것은 생물 정보학 프로젝트)에 의해 생성 된 일부 문자열에 문제가 있습니다. 정렬 파일을 구문 분석하는 기존 C 프로그램에 추가 기능을 추가하려고하지만 프로그램에서 만드는 "잘못된 일치"문자열의 구문 분석과 관련된 문제가 발생했습니다. 컨텍스트를 추가하려면 다음과 같이 정렬 문자열의 예가 있습니다. example = "28G11AC

c string bioinformatics atoi 2012-04-06

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컨센서스 시퀀스 도움말 (파이썬에서)

이 채점 기능을 작동시키는 데 어려움이 있습니다. 우리 프로그램의 목표는 t x n 행렬을 만들고 합의 순서를 찾는 것입니다. 어떤 도움을 주시면 감사하겠습니다 TypeError: 'int' object is not subscriptable. : 가 나는 오류가 계속. 그래서 def Score(s, i, l, **dna) 를 사용하는 경우가 int 변수 인

python bioinformatics 2012-03-05

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텍스트 파일에서 DNA 시퀀스를 읽고 C의 배열에 저장하는 방법?

C 언어의 텍스트 파일에서 DNA 서열을 읽고이를 어레이에 저장하고 각 뉴클레오티드 위치에서 시작하는 주어진 길이의 모든 부분 문자열을 추출하는 방법은 무엇입니까? 예컨대 시퀀스는 텍스트 파일에서 다음과 같은 방식으로 모든 출발 위치 cctgatagacgctatctggctatccaggtacttaggtcctctgtgcgaatctatgcgtttccaaccat

bioinformatics dna-sequence 2012-03-06

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