bioinformatics

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이제 데이터 (txt 파일)가 생겼습니다. a 위치와 b 위치의 Mod 값은 어떻게 찾습니까? 예를 들어 : my data: posi 13628 16195 GTG GAA BL4_0018 14185 14185 T C 20000 16543 ATG GAC BL4_0019 Hope The result : posi

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Windows에서 Cytoscape 플러그인 개발을 위해 Eclipse 설정하기

필자는 극도로 숙련 된 프로그래머가 아니라고 말하면서 언급하지 말아야 할 단계를 완전히 지정할 수 있다면 크게 감사하겠습니다. 내가 Cytoscape를위한 플러그인 개발의 초기 단계에서 현재 오전 , 나는 내가 외부 라이브러리 로 cytoscape.jar 추가 한 다음 이클립스에서 자바 프로젝트를 생성했을 내가 추가 한 : "프로그램 인수" 나는 실행 시도

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파이썬에서 Web Gene Prediction Server로 시퀀스를 보내려면?

저는 현재 'ab initio gene prediction'프로그램에 관한 프로젝트를 진행 중입니다. 'FGENESH'및 'GenScan'과 같은 흥미있는 웹 유전자 예측 서버를 발견했습니다. 다음은 URL이 : http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfi

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BSgenome 데이터로드시 biostrings 패키지 기능 적용시

BSgenome이 설치된 것처럼 보이지만 라이브러리를로드 할 수 없습니다. 다음 코드는 Biostrings 패키지에 있습니다. > require(BSgenome) > require(Biostrings) > library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) Error in library(BSgenome.D

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문자열의 각 항목에서 찾기, 바꾸기 및 증가시키기

나는 고통스럽고 간단한 문제에 대해 미리 스크립팅을하고 새해에 사과드립니다. 나는 꽤 철저히 검색 한 것으로 믿지만 분명히 다른 대답이나 요리 책이 나에게 충분히 이해되어서는 안된다. (예 : here - 아직도 그것을 얻을 수 없었다.) 나는 한 줄에 한 줄씩 문자의 문자열 (DNA라면 상관 없다)로 구성된 파일을 가지고있다. 각 문자열 위에 기본 문자열

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단일 쉘 세션을 위해 Mac OsX.6에서 파이썬 2.6_64bit의 사용을 강제하는 방법은 무엇입니까?

저는 파이썬 2.6의 64 비트 설치가 필요한 생물 정보학 프로그램 인 Stampy를 실행하려고합니다. 나는 arch -x86_64 /usr/bin/python2.6 을 입력하여 64 비트 설치를 시작 할 수 있지만, 나는 쉘 내에서, 예를 들면 Stampy 명령을 실행할 때 : Stampy requires a 64-bit Python install t

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.wav 파일을 matlab 또는 다른 소프트웨어를 사용하여 .BS2/BSR 파일로 변환

.wav 파일을 matlab의 .BSR/.BS2 파일로 변환하고 싶습니다. EMG (electromyography) 컴퓨터에서 .wav 파일을 출력하는 대학원 프로젝트 용입니다. 그리고이 파일은 matlab에서 처리 할 생물 의학 신호를 .BS2/.BSR로 변환 한 후에 포함합니다. 도와주세요. 미리 감사드립니다. 건배.

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다른 폭발 도구

현재 상업용 또는 비상업적 인 폭발 도구를 찾고 있습니다. 나는 현지 BLAST 검색에 NCBI 폭발을 여러 번 사용했지만 지금은 흥미로운 대안을 찾고 있습니다. 검색 중에 CUDA-Blast, GPU-Blast, WU-Blast, BlastStation2, mpiBlast 및 Turboblast와 같은 흥미로운 결과를 발견했습니다. 누구나 이러한 도구를

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헤더 행 및 행 이름 열을 허용하는 함수 만들기

요소 0이 2D 배열이고 요소 1이 머리글 정보이고 요소 2가 rowname 인 목록 목록을 반환하는 함수를 정의하고 있습니다. 파일은 다음과 같은 경우 어떻게 파일에서이를 읽을 수 있습니다 유전자 S1 S2 S3 S4 S5 100 -0.243 -0.021 -0.205 -1.283 0.411 10000 - -0.79 0.063 -0.878 0.011 def

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음수에 대한 조건부

목록의 표준 편차를 계산하는 함수를 정의하고 있습니다. 때로는이 목록의 평균이 음수이므로 제 함수는 음수의 제곱근을 취할 수 없으므로 오류가 발생합니다. 이것은 단순 해 보입니다. 단지 생각할 수 없습니다. 음수의 제곱근을 취할 수 없기 때문에 음수가 있으면 -1을 곱하기 위해 함수에 대한 조건부를 작성하고 싶습니다. 이 문장을 작성하려면 어떻게해야합니까?