bioinformatics

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R 최적화 : 어떻게이 상황에서 for 루프를 피할 수 있습니까?

저는 R에서 간단한 게놈 트랙 교차를 시도하고 주요 성능 문제로 돌고 있습니다. 아마도 for 루프 사용과 관련이 있습니다. 이 상황에서 나는 100bp 간격으로 미리 정의 된 창을 가지고 있으며 각 창 중 mylist의 주석이 얼마나 많은지 계산하려고합니다. 0 100 200 300 400 500 600 windows: |-----|-----|---

optimization r intersection bioinformatics 2010-03-25

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XML NCBI BLAST 파일에서 첫 번째 적중 요소를 추출하는 방법은 무엇입니까?

NCBI xml BLAST 파일에서 첫 번째 히트 만 추출하려고합니다. 다음으로는 첫 번째 HSP 만 얻고 싶습니다. 마지막 단계에서 나는 최고 점수에 기초하여 이것을 얻고 싶다. <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi

python xml bioinformatics elementtree ncbi 2009-12-20

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대용량 XML 파일을 스크립트로 분석하거나 BioPython API를 사용 하시겠습니까?

얘들 아,이게 내 첫 번째 질문이야. 나는 SQL에서 UniprotKB의 로컬 복사본을 만들려고합니다. UniprotKB은 2.1GB이며,이 XML로 제공하고 SWISSPROT 사용하는 특별한 텍스트 형식 여기 내 옵션입니다 1) SAX 파서 (XML을 사용)를 - 나는 루비를 선택했다 및 Nokogiri. 파서를 작성하기 시작했지만 초기 반응 : XML

python xml bioinformatics 2010-05-26

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microarray 데이터의 강력한 다중 배열 평균에 대한 파이썬 스크립트

나는 행운과 구글을 시도했습니다. 파이썬으로 끝났지 만 코드가없는 강력한 멀티 어레이 평균에 대한 약한 언급을 보았습니다. 나는 바퀴를 다시 발명하는 것에별로 관심이 없다. 파이썬 모듈에 대한 제안, 스크립트 .... 좋은 설명이나 알고리즘 예제를 찾을 수 있다면 공유 할 파이썬 구현을 작성합니다. 내가 정의한 내용이 아니더라도 내가 당신에 대해 무엇을 말

python arrays bioinformatics dna-sequence 2010-02-18

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Bioinformatics에 가장 적합한 언어는 무엇이라고 생각하십니까?

저는 Bio-informatics에서 몇 가지 조사 작업을 수행했으며 Matlab을 사용해 왔습니다. Matlab에는 강력한 도구가 많이 있었으며 사용하기가 쉽습니다. 나는 게놈 시퀀싱과 대사 경로 예측과 함께 생각했습니다. 다른 사람들이 생각하는 것이 무엇인지 궁금합니다. 또는 특정 언어가 하나가 아닐 수도 있지만, 많은 양의 데이터를 다루는 무거운 수학

matlab bioinformatics 2010-06-08

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좌표가있는 경우 어떻게 UCSC에서 Perl 스크립트를 사용하여 DNA 시퀀스를 추출 할 수 있습니까?

좌표가있는 경우 게놈 브라우저 (UCSC)에서 Perl 스크립트를 사용하여 DNA 시퀀스를 추출하는 방법은 무엇입니까?

perl bioinformatics 2010-04-29

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tRNA 서열을 어떻게 얻고 (그리고 그것을 R로 가져올 것인가)

나의 논문 작업을 위해서, tRNA 데이터를 R로 가져 와서 정렬 시키길 바란다. 내 질문은 : 나는 데이터에 어떤 자원을 사용할 수 있습니까? 가져 오기/정렬에 어떤 명령이 도움이 될 수 있습니까? Genomic tRNA database at UCSC tRNAdb at the University of Leipzig 또한 기본 않는 Biostrings R

r dataset bioinformatics dna-sequence 2010-03-11

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정보 획득을 통해 유전자 순위를 매기는 방법은 무엇입니까?

정보 이득 및 카이 제곱 통계를 사용하여 마이크로 어레이 데이터에 대한 유전자 순위 결정 방법 ?? 간단한 예제로 설명하십시오.

database statistics bioinformatics 2010-01-21

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과학 데이터 종속성 그래프를 관리하기위한 파이썬 솔루션 스펙 값으로

나는 일반적인 것처럼 보이는 과학적 데이터 관리 문제가 있지만 기존 해결책이나 심지어는 설명을 찾을 수 없다. 나는 오랫동안 의아해했다. 나는 주요 재 작성 (파이썬)에 착수하려고하고 있지만 기존 솔루션에 대해 마지막으로 한 번 던지려고 했으므로 내 자신을 스크랩하고 생물학으로 돌아가거나 더 나은 인터넷 검색을 위해 적절한 언어를 배울 수 있습니다. . 문

python nosql scientific-computing bioinformatics aop 2010-06-19

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대량 스펙 데이터의 복수 정렬을위한 패키지

여러 스펙트럼을 정렬하기 위해 좋은 R 패키지를 찾고 있습니다. 감사합니다.

r bioinformatics 2010-01-28

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