bioinformatics

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을 병합 비교 I가 내가 그들 모두 사이에 공통적 인 사람을 찾기 위해 함께 여섯 해시의 키를 비교하고 여기에 코드의 작업 비트. 그런 다음 각 해시의 값을 새 해시의 한 값으로 결합합니다. 제가하고자하는 것은 이것을 확장 가능하게 만드는 것입니다. 난 쉽게 내 코드로 다시 갈 필요하고이를 변경하지 않고 100-3 해시를 비교에서 갈 수 있도록하고 싶습니다

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Bioperl reading fasta sequences

내 fasta 파일이 단일 라인 시퀀스로 끝나면 Bioperl에 의해 반환 된 시퀀스에는 누락 된 하나의 뉴클레오티드가 있다는 것을 발견했습니다. fasta 파일이 새 행으로 끝나면 완료 순서가 리턴됩니다. 왜 이해가 안되니? fasta 파일이 빈 줄 바꿈으로 끝나는 요구 사항입니까? 이것은 내가 my $obj = $db->get_Seq_by_id($id)

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awk로 DSSP의 나선 잔기를 추출하십시오.

DSSP 파일에서 나선 (H) 잔기를 추출하고 싶습니다. 1CRN.dssp 31 37 A K H < S+ 32 38 A V H < S+ 33 39 A F H >< S- 34 40 A G G >< S+ 35 41 A K G > S+ 1GB5.dssp는 113 242 B G H 3>>S+ 114 243 B I H <45S+ 115 244 B L

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Python을 사용하는 Bioinformatics 스크립트/Biopython/Clustalw stdout을 사용하여 단백질 디렉토리를 반복합니다.

단백질 서열을 정렬하기 위해 Biopython과 Clustalw2를 사용하여 파이썬에서 약간의 생물 정보학 작업을하고 있습니다. 나는 이것 (상당히 2 개월의 경험)에 상당히 익숙하며, stdout을 사용하고 전체 디렉토리를 반복하는 데 문제가있다. 어떤 도움을 주시면 감사하겠습니다. 그래서 나는 #!/usr/bin/python import Bio i

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Golub leukemia dataset : HUGO 기호에 Affy ID

Affymiids를 다른 표준 기호로 변환하여 추가 처리 할 수있는 문제가 있습니다. 내가 작업중인 데이터는 백혈병 데이터 세트입니다 (Golub 외. , 1999). Bioconductor 프로젝트에서 가져온 golubEsets 데이터 세트를 사용합니다. 나는,이 많은 오류를 생성 할 것이다 (http://faculty.washington.edu/kenr

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긴 쌍 현자단 뉴클레오티드 배열을 수행하는 알고리즘을 찾고

나는 참고 게놈의 하위 서열에 스캐 폴드를 정렬하여 가능한 SNPs 및 indels을 스캔하려고합니다. (원시 읽기는 사용할 수 없습니다). R/bioconductor과 Biostrings 패키지의 pairwiseAlignment 함수를 사용하고 있습니다. 나는 오류 메시지와 함께 같은 56kbp 발판을 정렬하려고 할 때 이 작은 발판을 위해 잘 작동하지만

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Python 및 Ubuntu의 명령 행 도구 호출

Windows 용으로 작성된 일부 GUI 프로그램을 Ubuntu 소프트웨어 센터에 가져오고 싶습니다. 내가 원하는 아니 내가 리눅스 (우분투)에서이 작업을 수행 할 수있는 방법을 알고 내가 os.system(cmd) 로 전화를 여러 외부 명령 행 도구를 사용하지 않는거야. 어떤 파일을 사용해야합니까? Windows에서 도구는 내 프로그램의 폴더에서 액세

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PDB 파일에서 체인을 추출하는 방법은 무엇입니까?

pdb 파일에서 체인을 추출하고 싶습니다. 나는 아래와 같은 pdb ID를 포함하는 pdb.txt라는 파일을 가지고있다. 처음 네 문자는 PDB ID를 나타내며 마지막 문자는 체인 ID입니다. 1B68A 1BZ4B 4FUTA I)는 라인 (2)에 의한 파일 선 판독 대응 PDB 파일에서 각 체인의 원자 좌표를 다운로드) 1 싶다. 3) 출력을 폴더에

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- 나는 내 코드

을 향상시킬 수있는 방법은 다음과 같은 코드가 있습니다 from Bio import AlignIO import itertools out=open("test.csv","a") align = AlignIO.read("HPV16_CG.aln.fas", "fasta") n=0 def SNP(line): result=[] result.a

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PyMOL을 실행하는 경우에만 함수 호출

단백질에 대한 계산을 수행하는 스크립트가 있습니다. 완료되면 메소드는 pymol 모듈을 가져오고 pymol.cmd API를 사용하여 PyMOL 세션에 결과를 표시합니다. def display_results(results, protein_fn): import pymol pymol.cmd.load(protein_fn) pymol.cm