bioinformatics

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파일/배열에서 해시 키를 검색하여 해시 값으로 바꿉니다. 모든 해시 키/값에 대해이 작업을 수행하십시오.

사이트를 수색했는데 놀랍게도 효과가있는 것을 찾을 수없는 것 같습니다. 내 특별한 문제는. 그래서 나는 그것을 게시하고 더 경험이 많은 프로그래머 중 일부가 어떻게 문제를 해결할 수 있는지 보았습니다. 은 내가 특정 라벨 (예를 scaffold1253.1_size81005.6.32799_7496)에 대한 검색을 통해 더 단순화 된 라벨 (예를 scaffol

perl search hash replace bioinformatics 2013-07-05

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ODE Hill kinetics에서 확률 론적 질량 작용까지

ODE가있는 모델을 확률 론적 모델로 변환 할 때 문제가 있습니다. 1) k6f2 * PKB_S473P^N6/(km6^N6 + PKB_S473P^N6)) * AS160 2) k9f1 * S6K * mTORC1a^N9/(: 원래 모델은 두 식을 포함 힐 키네틱 스 (Hill kinetics)로 기술 된, 화학식 (1) 및 (2)의 화합물을 포함한다. 이전의

simulation bioinformatics rate deterministic stochastic-process 2013-07-09

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내 워크 플로가 올바르게 작동하도록 게놈 시퀀스를 짧게하려면 어떻게해야합니까?

저는 독일의 하이델베르그 대학에서 모리스입니다. 내 학사 학위 논문의 경우 간세포 암 환자에서 20 개의 대형 (25-30GB) 게놈 파일 (.txt.gz)이 있습니다. 우분투 서버에 Bpipe를 설치했는데, 몇 가지 방법을 시도해 보았습니다. 포함 단계는 다음과 같습니다 정렬 hg19.fasta 변환에 대해 (BWA는 (SAI와 샘) 변환) (samtol

workflow bioinformatics pipeline fasta genome 2013-07-12

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파이썬에서 파이프 세그먼트에 여러 입력을 전달하는 방법은 무엇입니까?

원시 파일을 바이너리로 처리하는 데이터 파이프 라인을 구축 중입니다. 파일은 크고 여러 단계가 있으므로 가능한 경우 디스크에 쓰지 않는 것이 좋습니다. 하나의 서브 프로세스의 출력을 받아서 다른 서브 프로세스의 입력으로 만드는 것은 쉽지만, 다중 입력 파일을 필요로하는 서브 프로세스를 처리하는 방법은 무엇입니까? 특히 : 두 개의 파일 A와 B를 처리하는

python subprocess pipe bioinformatics 2013-07-12

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파이썬 멀티 프로세싱 편집 거리 계산

저는 약 1 년 동안 프로그래밍을 해왔으므로 기본 지식을 잘 알고 있습니다.하지만 파이썬 다중 처리 문서를 고민하기 위해 고심하고 있습니다. 누군가가 문제의 올바른 방향을 지적 해 줄 수 있다면 좋을 것입니다. 저는 파이썬 -Levenshtein c- 모듈을 사용하여 많은 수의 DNA 시퀀스 (~ 5000-2000) 사이의 쌍 거리를 계산하고 있으며 다중

python multiprocessing bioinformatics 2013-07-16

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R : nbinomTest() 함수에 포함 된 기본 FDR 값을 변경하는 방법? 나는 테이블이

, 여기에 시작입니다 : WE1_counts WE2_counts M1_counts M2_counts M3_counts YAL008W 465 291 911 926 946 YBR255W 1040 1357 1428 1304 1112 YGR131W 95 170 230 113 138 YNL003ßC 1800 3107 3979 3012 2899 YBR135W

r bioinformatics genetic binomial-cdf 2013-07-23

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"for loop"(R)에 테이블 쓰기

나는 많은 시퀀스가 ​​텍스트 파일에 있습니다. "read.fasta"함수를 사용하여 이러한 시퀀스를 가져옵니다. "for 루프"를 사용하여 각 시퀀스마다 뉴클레오타이드 빈도 테이블을 만들고 출력을 위해 "write.table"을 사용합니다. 그러나 각 시퀀스마다 파일을 생성합니다 (많은 출력 파일과 각 파일에는 시퀀스 테이블이 있습니다). 모든 테이블이있

r bioinformatics sequences fasta 2013-07-28

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다중 서열 정렬 - 정렬에 덧붙임

나는 이미 다중 서열 정렬을 한 520 개의 인플루엔자 서열 세트를 가지고 있고 쌍 단위 항체를 계산했다. 다른 시퀀스를 추가하려면 모든 것을 재정렬하고 전체 PWI 행렬을 다시 계산해야합니다. 정렬에이 다른 시퀀스를 "추가"하고 PWI w.r.t 만 계산할 수있는 프로그램이 있습니까? 다른 모든 시퀀스? 간단한 예는 다음과 같습니다. 다음 점수로 2x2

python bioinformatics biopython sequence-alignment 2013-07-28

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스크램블 된 조합을 생성하는 Itertools

내가 원하는 것은 모든 조합과 각 조합의 모든 순열을 얻는 것입니다. 대체 기능을 가진 조합은 지금까지 저를 가져옵니다 import numpy as np from itertools import permutations as perm bar = [] for x in foo: carp = list(perm(x)) for i in range

python numpy combinatorics bioinformatics itertools 2013-07-28

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많은 시퀀스 (.fasta)가있는 파일에서 특정 아미노산을 찾기 위해 matchpattern()을 사용하는 방법

많은 엑손 시퀀스가 ​​fasta 형식 인 파일 (mydata.txt)이 있습니다. 각 DNA 서열 (프레임을 고려)에 대한 시작 ('atg') 및 중지 ('taa', 'tga', 'tag') 코돈을 찾으려합니다. 에서는 mydata.txt 될 수있는 예를 들어 : >a atgaatgctaaccccaccgagtaa >b atgctaaccactgtcat

r bioinformatics fasta bioconductor 2013-07-28

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