bioinformatics

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Biostrings : vmatchPattern 결과가있는 XStringSet 클래스 객체에서 subseq 사용

안녕하세요 저는 BioStrings의 사용법에 익숙하지 않지만 그 힘의 모습을 볼 수 있습니다. view <- vmatchPatter(pattern = "CCGGA", genes) matches <- unlist(view, recursive = T, use.names = T) m <- as.matrix(matches) 내가이 포함 된 깔끔한 매트릭스

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스왑 값 1

I는 다음과 같습니다 파일이 있습니다 CHROM POS ID REF ALT 22 345 567 A G 22 454 666 T G 23 454 555 C C 23 565 777 G G 을 그리고 난 그것을 변경하려면 : 열 1에서 CHROM POS ID REF ALT 22 345 567 A G 22 454 666 T G X 454 555 C

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Perl의 SEEK를 사용하여 파일의 한 줄로 건너 뛰고 파일을 계속 읽으십시오.

내 목표는 고정 길이의 단일 열 (내 Mac에서는 1 문자 = 2 바이트)을 포함하는 파일을 열고 그 파일을 읽는 것입니다. 파일의 행을 지정된 점에서 시작하고 끝나는 배열로 변환합니다. 파일이 매우 길기 때문에 seek 명령을 사용하여 파일의 적절한 시작 행으로 이동합니다. 파일은 단일 열로 배열 된 염색체 시퀀스입니다. 성공적으로 파일의 적절한 지점으로

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차세대 시퀀싱 데이터에서 R에 조치를 반복 재편

나는 R의 데이터 세트가 있습니다 ddat <- data.frame(gene=rep(1:4,1), ID.pat=rep(c("0", "1"), each=10), allele.freq =runif(20,min=0,max=1), SNV=round(runif(20,min=0,max=4))) ddat gene ID.pat allele.freq SNV

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파이썬 (biopython)을 사용하여 프레임의 코돈 수를 계산하는 방법

유전자 파일 (test.fasta)의 코돈 수를 세는 스크립트는 아래와 같습니다. 모든 코돈 프레임에 관계없이, 나는 프레임 0 (ATG, TAT, TAT, TAA)에서만 각 코돈을 계산하고 싶다. 예를 들면 : >test1 ATGTATTATTAA ATG : 1 TAT : 2 TAA : 1 내 스크립트 내가 필요로하지 않는 등 TGT, AT & T,

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대상 시퀀스에 일치하지 않는 시퀀스를 찾기

Biostar에서 Rnaer에 의해 흥미로운 질문 : (예를 들어 30NT) 나는 주어진 길이의 독특한 DNA/단백질 서열을 찾으려면 하지 않습니다 C.elegans 게놈의 모든 지역과 일치합니다. 거기에 그런 도구가 있습니까?

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Needleman-Wunsch 알고리즘의 동적 프로그래밍 구현에 대한 자취

거의 needleman-wunsch 구현이 작동하지만 특정 사례에 대한 추적을 처리하는 방법에 대해 혼란스러워합니다. 생각은 순서 (가장 긴 경로)를 다시 구성하기 위해 점수가 나온 행렬을 결정하기 위해 다시 계산한다는 것입니다. 문제가되는 가장자리 케이스는 오른쪽 하단 점수가 일치 행렬에 없지만 삽입 열 매트릭스에있는 경우입니다 (결과 추적 된 뒤쪽 시퀀

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히트 맵() 함수의 클러스터 특정 구성원 이름 가져 오기 R

R에서 'heatmap()'함수를 사용하여 히트 맵을 생성하면 특정 클러스터의 구성원을 집중시키고 추출 할 수있는 방법이 있습니까? 저는 4500 x 420 멤버의 히트 맵을 가지고 있으며 유용 할 것입니다. 감사합니다.

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R heatmap.2 키 색상

히트 맵을 사용하여 히트 맵을 만들고 있는데 색상 키의 크기에 대한 질문이 있습니다. 내 데이터에 log10을 적용하고 일부 음수 값을가집니다. 그러나 색상 키는 0과 0.3 사이에서 조정됩니다. 이 규모는 어디에서 비롯 되었습니까? library(gplots) scalewhitered <- colorRampPalette(c("white", "red"),

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imglib2 : PointSetRegionOfInterest

Img에서 임계 값을 초과하는 지점을 선택하기 위해 PointSetRegionOfInterest를 사용하고 있습니다. roi는 마스크로 사용되므로 종종 '포함'메서드를 호출해야합니다.이 메서드는 roi가 많은 수의 점으로 구성되어 있기 때문에 매우 느립니다. 더 효율적인 대안이 있는지 궁금합니다. 내가 필요한 것은 임계 값 위의 모든 점을 선택하고 Img의