bioinformatics

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페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까?

페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까? 우리는 유기체의 전체 게놈을 정렬 할 수 있습니까?

bioinformatics dna-sequence genome sequence-alignment 2014-04-06

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scikit-learn을 사용하여 새로운 기능 저장

저는 여러 시퀀스 세트 (FASTA 파일)에서 다양한 시퀀스 기반 기능을 추출하는 생물 정보학 시퀀스 연구에 종사하고 있습니다. 시퀀스의 다양한 기능을 생성하고 각 시퀀스를 개별적으로 처리합니다 (필자는 수만 개의 시퀀스로 작업 할 것입니다). 나는 프로그래밍 및 데이터 처리 초보자입니다. 생성 된 기능을 저장하고 출력 (즉, CSV 파일의 행렬에 저장)하

python dictionary scikit-learn bioinformatics feature-extraction 2014-04-06

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한 파일의 좌표를 사용하고 다른 파일의 좌표와 일치하는 값을 추가하는 Python 스크립트

탭으로 구분 된 침대 파일에 원래의 게놈 좌표 집합 (chrom, start, end)이 있습니다. 또한 원래의 게놈 좌표와 각 좌표와 관련된 숫자 값을 포함하는 탭으로 구분 된 침대 파일이 추가로 있습니다. 이러한 좌표는 매번 다른 숫자 값으로 침대 파일에 여러 번 나타날 수 있습니다. 그 특정 좌표와 관련이있는 것으로 밝혀진 모든 값의 합계 수로 원래

python dictionary bioinformatics genome 2014-04-06

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사전 : 선택한 키 아래에서

에 대한 값을 확인하는 것은 주어진 순서가 지정된 순서와 각 아미노산에 대한 각각의 질량 나와있는 테이블을 기반으로 import re def make_table(yy): letter=r"^[A-Z]" mass= r"[0-9]{1,2}" #list of aa table=open(yy,'r') aa=[i for

python bioinformatics 2014-04-07

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Perl 인라인 :: C : 메모리 누수를 피하기 위해 Inline_Stack_Vars 등이 필요합니다 (생체 인식 문자 일치)

내 질문은 인라인 C 코드와 관련이 있습니다. 인라인 스택 함수 (Inline_Stack_Vars)를 사용하여 변수를 전달해야합니까? in/out 또는이 문맥에서 변수를 수정하는 것이 적절합니까? 생체 인식 데이터를 표시하려면 두 개의 정렬 된 문자열 사이에 차이점 만 표시해야합니다. 예 : 주어진 두 문자열 :.. 내가 '으로의 대체 두 번째 문자열이 (

perl bioinformatics inline-c 2014-04-07

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좌표로 인간 게놈 서열을 얻는 빠른 방법

나는 무수히 많은 인간 게놈 조각 (5 억 개 이상)을 무작위로 얻고 싶다. 이것은 전체 프로세스의 부분 작업입니다. 나는 bowtie의 .sam 결과 파일을 가지고 있으며, 천만 개의 인간 게놈은 정렬을 읽습니다. 각각의 쿼리를 'sam 파일에서 정렬 된 참조 시퀀스'와 비교하려고합니다. 내가 사용한 참조 시퀀스는 UCSC의 hg19.fa입니다. 그래서

python sequence bioinformatics genome 2014-04-15

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비 시퀀스 관련 주석을 fasta 파일에 삽입 할 수 있습니까?

누군가가 fasta 파일에 주석을 추가하는 방법을 알고 있는지 궁금합니다. # 문자를 사용해 보았지만 정렬 알고리즘/소프트웨어와 잘 어울리지 않습니다. 감사합니다.

alignment sequence bioinformatics fasta 2014-04-29

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두 사전에서 공통 ID (교차) 찾기

두 개의 서로 다른 파일에서 [1] 행에 일반적인 교차 ID를 찾으려는 코드를 작성했습니다. 내 작은 샘플 파일을 확인 작동하지만 내 큰 파일을 않습니다. 왜 그런지 모르겠다. 뭐가 잘못 됐는지 제안 해 줄 수 있니? 정확한 문제는 입력 값이 200 일 때입니다. 즉, 교차로를 90 개 부여합니다. 150으로 축소하면 교차로가 110이되고 논리적으로는 더

python dictionary bioinformatics 2014-04-30

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Smith-Waterman 알고리즘을 사용하여 파이썬에서 행렬을 생성합니다.

나는 Smith-Waterman algorithm을 사용하여 동적 프로그래밍 행렬을 생성하기 위해 Python을 사용하고 있습니다. 여기 는 지금까지이 작업은 다음과 같습니다 입력으로 def score(base1,base2): base1=base1.upper() base2=base2.upper() if base1 not in 'A

python matrix alignment bioinformatics 2014-05-01

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BioPython이 복수 온라인 폭발을 제출합니다.

동시에 여러 시퀀스를 Bio.Blast.NCBIWWW 모듈에 제출할 수 있습니까? 블래스트를 실행하고 다중 처리를 사용하여 실행되는 여러 함수를 만들려고했지만 NCBI 서버가 잠시 후 부팅되어 연결이 작동하지 않는다고 생각합니다.

python bioinformatics biopython blast 2014-05-01

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