각 줄마다 다음과 같은 형식의 계층 데이터를 나타내는 csv 파일이 있습니다. '문란', '클래스', '주문', '가족', '속', '종' Subspecies ','unique_gi ' 대표 전화 Newick tree format으로 변경하고 싶습니다. 새로운 방법이나 파이썬 패키지가 놀랄 것입니다. 고맙습니다!
나는 수업을 분석해야하는 큰 FASTA 파일이 있습니다. 여기 질문에 도움이 발견되었습니다. How to search and isolate attributes of FASTA formatted text in R. 그러나 데이터를 조작하는 데 여전히 문제가 있습니다. 함수 getAnnots()를 사용 는, I는 다음과 같은 형식 "annots"목록 얻을 :
fasta 파일 벨로우즈에서 숫자 "4677450"을 추출하여 변수에 넣으 려합니다. 내 코드는 작동하지만 아주보기 흉하게 보입니다. 나는 이것을하는 더 효율적인 방법을 배우고 싶다. 누군가가 어떻게 가르쳐 줄 수 있니?
>gi|47118301|dbj|BA000007.2| (4677450 - 4678851)
AAACATCTCCCTGAACCGTTCCGC
정수 선형 프로그래밍 모델의 목적 함수를 고안하기 위해 노력하고 있습니다. 목표는 유전자 전환 이벤트가 발생한 경우뿐만 아니라 두 유전자의 사본 수를 결정하는 것입니다 (하나의 사본이 삭제되었지만 하나의 사본이 삭제되었지만 그물 사본 번호는 변경되지 않은 것처럼 보입니다). 이 문제는 두 개의 데이터 벡터, P_A 및 P_B을 포함합니다. 벡터는 0보다 큰
Im은 Bioinformatics 클래스를 사용하고 있으며 계속해서 "정의되지 않은 서브 루틴 & main :: Print가 ReverseComp.txt 행 4에서 호출되었습니다." 오류 # ReverseComp.txt => takes DNA sequence from user
# and returns the reverse complement
print
대장균의 핵심 신진 대사지도를 그려야합니다. 지도의 각 반응과 관련하여이 반응을 통해 플럭스를 나타내는 숫자가 있습니다. 지도에 각 반응의 색상을 통해 이러한 플럭스를 반영하는지도를 원합니다. 나는 Mathematica 및 Cytoscape와 같은 도구를 사용해 보았지만, 대사 네트워크의 멋진 레이아웃을 얻는 것은 매우 어렵습니다. 나는 대장균 신진 대사지
배경 : 아래에서 볼 수 있듯이 , 그림의 왼쪽에 무향 그래프가있다. 정점은 S1, S2 ... S6으로 표시되고 가장자리는 정점 사이의 선분으로 표시됩니다. 모든 가장자리에는 양수 또는 음수의 가중치 (가장자리 근처의 숫자)가 있습니다. 설명 : 그래프 는 단순한 사이클은 네거티브 에지 홀수 경우 충돌주기라고하며되는 조화 된 사이클 음수 에지 짝수 (또는
내가 폴더의 모든 파일에 실행할 명령을 의 부품을 교체하고, 명령의 구문은 다음과 같습니다 tophat -o <output_file> <input_file>
는 내가 뭘하고 싶은 것은 스크립트입니다 임의의 폴더에있는 모든 파일을 반복하고 입력 파일 이름을 사용하여 비슷하지만 다른 출력 파일 이름을 만듭니다. 파일 이름은 다음과 같습니다 input nam