bioinformatics

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.csv 파일로 .tree 데이터를 필터링하십시오.

방대한 .Tree 파일로 작업 중이며이를 구문 분석하고 .csv 파일을 기반으로 트리밍 할 방법을 찾고 있습니다. 나는 원하는 것을 선택하는 .csv 형식으로 뿌리와 가지를 분류하는 파일을 가지고있다. 대용량 .tree이므로 iTOL의 대화 형보기가 작동하지 않으며 트리가 방대해 대부분의 GUI가 작동하지 않습니다.

csv tree bioinformatics 2015-01-05

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RNA 분해 플롯 : 왜 커브가 부드럽습니까?

Affymetrix microarrays에서 데이터를 분석하고 있습니다. 나는 왜 RNA 분해 플롯에서 그러한 부드러운 곡선을 얻는 지 이해하지 못합니다. 내가 사용하는 스크립트에 문제가 있습니까 : 내가 이런 날카로운 곡선을 기대 : 이것은 내가 무엇을 얻을? degradation <- AffyRNAdeg(Data) plotAffyRNAdeg(degra

r bioinformatics bioconductor 2015-01-08

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파이썬 스크립트를 더 빠르게 만들 수 있습니까?

필자는 Python을 처음 접했을 때 fastq 파일에서 임의로 시퀀스의 하위 집합을 선택한다고 가정합니다 (아마도 매우 못생긴) 스크립트를 작성했습니다. fastq-file은 정보를 4 행씩 블록 단위로 저장합니다. 각 블록의 첫 번째 행은 문자 "@"로 시작합니다. 입력 파일로 사용하는 fastq 파일은 약 14,000,000 줄을 포함하는 36GB입니

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

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3D 테이블 스페이스의 동적 프로그래밍 문제는 무엇입니까?

2D 테이블 공간 (예 : Smith Waterman)의 동적 프로그래밍 문제에 대해 들어 봤습니다. 3D 테이블 공간에 DP 문제가 있는지 알고 싶습니다. 나는 2 개의 그런 문제 (3D 배낭과 모든 쌍 최단 경로)를 보았지만 (i + a, j + b, k + c)에 의존하는 (i, j, k) 여기서 a, b, c는 정수 (음수 또는 양수)입니다. 예를

algorithm dynamic-programming bioinformatics 2014-12-09

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Swissprot에서 2 차 strucutre 데이터 추출하기 특징 튜플 Python

단백질의 특정 위치에 대한 2 차 구조 (예 : strand, helix 등)와 도메인 (예 : 신호)을 Swissprot 파일에서 결정할 수 있어야합니다. 다음과 같이 SWISSPROT 파일에서 FT 라인에보고 한 결과입니다 RecName: Full=Insulin; Contains: RecName: Full=Insulin B chain; Contains:

python tuples bioinformatics biopython 2014-12-10

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transcriptome 어셈블리 용 fastf 파일 (.fa)을 gtf 파일로 변환하는 방법

안녕하세요 트랜스 스크립트 어셈블리를 만들고 있는데 fasta 파일이 사용 가능한 gtf 파일과 일치하지 않아 데이터베이스에 다운로드 한 것 같습니다. .fa 파일에서 a.gtf 파일을 가져 오는 방법이 있는지 궁금합니다. 나는 전체 시퀀스를 통해 내가 gtf 파일을 만들 수 있음을 의미합니다. 귀하의 답변을 기다리십시오.

bioinformatics 2014-12-12

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BioPython으로 fastq 헤더를 변경하고 다시 쓰는 데 오류가 발생했습니다.

postfix/1 및/2를 사용하여 fastq 헤더를 변경하려고 시도하고 새로운 fie로 다시 쓰려고합니다. 그러나이 오류가 발생했습니다 : No suitable quality scores found in letter_annotations of SeqRecord 이 문제를 해결할 수있는 방법이 있습니까? 변경된 fastq 헤더와 일치시키기 위해 품질 점

python bioinformatics biopython fastq 2014-12-22

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python - fasta 파일에서 선택적으로 염기 서열을 선택 하시겠습니까?

biopython 사용 유전자 이름이 텍스트 파일에 저장되어있는 경우 어떻게 fasta 파일에서 관심있는 유전자를 잘라낼 수 있습니까? #extract genes f1 = open('ortholog1.txt','r') f2 = open('all.fasta','r') f3 = open('ortholog1.fasta','w') genes = [

python bioinformatics biopython 2014-12-26

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GEOquery의 getGEO 명령 사용 중 오류 Bioinfomatic 용 R 패키지

Windows 7 OS에서 3.1.2 버전의 R 사용. 생물 정보학에 GEOquery 패키지를 사용하는 중에 문제가 있습니다. 나는 그것이 저를 도와주세요 gset <- getGEO("GSE1739", GSEMatrix = FALSE) 와 함께 잘 작동하지만 명령이 library(Biobase) library(GEOquery) library(limm

r bioinformatics 2014-12-29

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파이썬 알고리즘을 병렬화하려고 노력하는 멀티 스레딩을 사용하여 피 GIL 제한

나는 Biopython를 사용 파이썬을하는 알고리즘을 구현하고있다. FASTA 파일에 여러 정렬 (동일한 길이의 시퀀스 집합)이 저장되어 있습니다. 각 정렬은 500 ~ 30000 seqs를 포함하며 각 시퀀스는 약 17000 요소 길이입니다. 각 시퀀스는 Bio.SeqRecord.SeqRecord 개체로 저장됩니다 (자세한 내용은 SeqRecord obj

python multithreading bioinformatics biopython gil 2014-12-29

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