bioinformatics

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왜 fastx_trimmer는 내 fastq 파일이 알 수없는 파일 형식이라고 생각합니까?

Illumina NextSeq에서 실행 한 일부 .fastq 파일이 있습니다. 많은 서열은 poly-A 영역을 가지고있어이를 매핑하는 것을 복잡하게 만든다. 나는 10 연속 A의 모든 시퀀스를 제거하려면 다음과 같이 fastx_clipper 사용하여 그렇게하도록 노력 해왔다 : ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a A

bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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사전 처리 된 표현식 행렬에서 eset 객체 생성 중?

나는 R로 일부 유전자 발현 데이터를 분석 중이다. 나는 limma의 eBayes (limma는 BioConductor의 일부 임)와 차등 유전자 발현 분석을하고 싶지만, 그렇게하려면 내 표현 데이터를 eset 객체로 가질 필요가있다. 문제는 데이터를 사전 처리하고 CEL 파일이 없기 때문에 직접 eset 객체로 변환 할 수 있다는 것입니다. 인터넷에서 검

r expression bioinformatics bayesian bioconductor 2014-08-30

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파일을 배열로 구문 분석하는 더 빠른 방법은 두 번째 파일의 배열과 비교합니다.

현재 MS2 스펙트럼 데이터 (QE_2706_229_sequest_high_conf.mgf)가 포함 된 MGF 파일이 있습니다. 파일 템플릿은 아래 링크뿐만 아니라, 예를 들어 스 니펫 (snippet)에 있습니다 http://www.matrixscience.com/help/data_file_help.html BEGIN IONS TITLE=File3249

python bioinformatics 2014-07-15

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Perl Biomart timeout error

웹 서랍에서 데이터를 다운로드 할 때 Biomart Perl API를 사용하고 있습니다. 때로는 오류 메시지가 나타납니다. 웹 서버 문제 : 500 개의 읽기 제한 시간. 어떻게 든이 오류를 잡아 파일을 다시 다운로드 할 수 있습니까?

perl timeout bioinformatics bioperl 2014-07-17

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내가 이런 문자열을 가진 파일이있어 부분 문자열

을 사용하여 파일에서 문자열을 구하십시오 file_A을 Solyc01g094920 Solyc01g094930 지금은 숫자를 포함하는 다른 파일에서 해당 문자열을 가져올 : file_B Solyc01g094410.2.1 Solyc01g094820.1.2 Solyc01g094900.1.2 Solyc01g094910.1.1 Solyc01g094920

python bioinformatics 2014-07-17

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Trimmomatic에서 Linux 클러스터를 통한 명령을 인식하지 못합니다.

컴퓨터 클러스터에서 Illumina 쌍방향 읽기에서 어댑터 시퀀스를 제거하기 위해 Trimmomatic 프로그램을 사용하려고합니다. 프로그램을 열 수는 있지만 입력 한 명령을 확인하지 않거나 오류 메시지를 반환합니다. 나는 성공없이 입력 명령의 모든 종류의 순열을 시도했다. java -classpath /*filepath*/Trimmomatic-0.32/t

java linux cluster-computing bioinformatics 2014-07-18

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웹 페이지에서 실행될 때 PHP/MAFFT에서 파일 쓰기가 작동하지 않습니다.

MAFFT라는 서버에서 프로그램을 실행하는 웹 기반 프로젝트에서 작업하고 있습니다. MAFFT는 인수로 입력 파일과 출력을 쓰는 파일을 취합니다. mafft in > out 나는이 호출하는 PHP 페이지가 : 그럼 #!/bin/bash mafft in > out : <?php shell_exec("sh ./scr.sh");

php bash shell bioinformatics 2014-07-18

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중첩 된 for 루프를 Parrelize R

DNA 바코드가있는 데이터 프레임이 rownames에 있는데이 바코드 간의 차이 (예 : Levenshtein 거리)를 확인하고 싶습니다. 데이터 프레임의 값은 나중에 분석 할 때 처리해야합니다. 예상대로 results <- matrix(data=NA,nrow=dim(vals)[1],ncol=dim(vals)[1]) # Do the string spli

r bioinformatics 2014-07-22

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rowSums 'X'에 오류가 발생하지 않고 R의 모든 제로와 행을 제거하는 방법이 여기에 설명 된대로 숫자

내 목표는 동일해야합니다 약 50000 개의 행들, FPKM 열들에서 다수가 0 0 0이다. 입력 데이터 프레임 : tracking_id gene_id locus FPKM-R1 FPKM-R2 FPKM-R3 FPKM-R4 NR_1 DDX1 chr1:1 0.031 0.056 0.0045 0.0345 NR_2 DDX2 chr1:2 3.06588 3.65986

r bioinformatics 2014-07-24

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이 문자열의 조각을 사용하여 문자열에서 주어진 문자의 확률을 계산하는 방법은 무엇입니까?

01001010101001101011과 같은 문자열이 주어지면 여러 부분 문자열을 무작위로 슬라이스 할 수 있습니다. 슬라이싱하는 동안 예기치 않은 노이즈로 인해 일부 문자가 뒤집어 질 수 있다고 가정하십시오 (0->1 또는 1->0). 예를 들어 위치 (1)로부터 Position:......... String: 01001010101001101011

string probability bioinformatics 2014-07-26

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