dendrogram

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hclust 기능으로 R에서 계층 적 클러스터링을 수행 할 때. 최종 병합의 높이를 어떻게 알 수 있습니까? 그래서 일부 R 기본 데이터를 명확히 : hc <- hclust(dist(USArrests)) dendrogram1 = as.dendrogram(hc) plot(hc) 모든 클러스터링 정보의 변수 HC가 발생합니다. 그리고 dendrogram

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matlab를 사용하여 데이터 클러스터링

데이터를 클러스터하려고합니다. 다음은 내 데이터의 예입니다. genes param1 param2 ... gene1 0.224 -0.113 ... gene2 -0.149 -0.934 ... 저는 수천 개의 유전자와 수백 개의 매개 변수가 있습니다. 나는 유전자와 매개 변수에 의해 나의 데이터를 클러스터하고 싶었고 그것을 위해 clustergram을 사

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d3.js dendrogram : svg 요소에 이전 및 새 속성 바인딩하기

d3에 대한 나의 이해는 현재 다소 제한적이며 현재 D3.js의 dendrogram 예제로 실례 중입니다. 여러 곳에서 찾을 수 있습니다 : on this interactive version 예를 들면. 구현할 때 노드의 원 지름과 같은 속성을 업데이트하려고 할 때까지 모두 잘됩니다. (AngularJS와 같은 대화식 프레임 워크를 사용하여 매개 변수 변경

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R heatmap.2 (gplots) 액세스 dendogram 데이터

R에서는 heatmap.2 (gplots 패키지에서)를 사용하여 일부 데이터를 클러스터하고 시각화합니다. 내 데이터를 추가로 조작하려면 덤 드로 그램 (클러스터) 열에 액세스하고 싶습니다. 예를 들어 : x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x) h$colDendrogram 'dendrogram' with

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각 표본 이름에 Deprogram이 다른 색상으로 라벨을 붙이고 색상을 R

누구에게 도와 주시겠습니까? 다음 코드를 사용하여 DNA 거리 매트릭스를 사용하여 맹검 법을 그려 나가려고합니다. 모든 것은 괜찮아 보이지만 다른 색으로 각 표본을 가질 수있는 것 같지 않습니다. 내 거리 행렬의 파일은 다음 링크에 있습니다 https://gist.github.com/plxsas/f02cd17e804f9fe1fe4a T6 <- fasta2D

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별도 dendrograms 같은 데이터 세트의 서브 세트뿐만

난 I 일부 그룹 식별 한 단 (예. 반복적 분류 방법에 의해) library(cluster) d <- mtcars d[,8:11] <- lapply(d[,8:11], as.factor) gdist <- daisy(d, metric = c("gower"), stand = FALSE) dendro <- hclust(gdist, method = "av

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기울임 꼴로 멍크 트로 그램을 만드는 법

그래서 거리 매트릭스를 기반으로 42 개의 다른 유전자의 덩어리를 만들려고합니다. 도면을 사용하여 만든 : D6 = DIST (t (cildata)) hc6 = hclust 그때 단지 저장된 (D6) 플롯 (hc6) jpeg로 음모를 꾸미십시오. 나는 이탤릭체로 된 유전자 이름을 가진 플롯의 버전을 저장해야하는데, 그렇게하는 법을 알지 못한다. 주 플롯 제

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파이썬에서 히트 맵의 계층 적 클러스터링

0에서 20까지의 값을 가진 NxM matri가 있습니다. Matplotlib 및 pcolor를 사용하여 쉽게 히트 맵을 얻을 수 있습니다. 이제는 scipy를 사용하여 계층 적 클러스터링과 덴 드ogram을 적용하고 싶습니다. 클러스터링 결과에 따라 어떤 요소가 유사한 지 보여주기 위해 각 차원 (행과 열)을 다시 정렬하고 싶습니다. 크기가 다른 경우 c

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히트 맵에서 dendrogram의 리프 노드 수를 선택하십시오. R

Matlab에서 dendrogram 함수의 일부로 플롯하려는 덴 드로 그램의 노드 수를 지정할 수 있습니다. dendrogram(tree,P)은 P보다 크지 않은 dendrogram 플롯을 생성합니다 리프 노드. R에서 heatmap2과 동일한 작업을 수행하려는 시도는 비참하게 실패했습니다. stackoverflow 및 biostars에 대한 게시물은 cu

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R dendrogram에서 나뭇잎 사이의 글꼴과 간격이 더 크다

R에서 dendrogram을 사용하면 제대로 이해할 수 없습니다. 나는 문제가 무엇인지 보여 줄게,이를 확인하시기 바랍니다 : http://img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png 가 어떻게, 잎에 더 큰 라벨을 만들 수 있습니다 더 많은 그들 사이의 간격? 감사합니다. -Ricardo