dna-sequence

    0열

    1답변

    for 루프로 파이썬 계산 뉴클레오티드

    나는 입력 파일에서 DNA 서열을 취하여 루프를 사용하여 개별 A의 T 's C 's와 G 's의 수를 세고, "ATCG"가 아닌 문자가 있다면 I 예를 들어 내 입력 파일이 "오류"를 인쇄해야합니다 Seq1 AAAGCGT Seq2 금주 모임 tGcGt의 t Seq3 AF GtgA cCTg I가 함께 왔어요 코드 : acount = 0 ccount = 0
    loops count dna-sequence 2013-04-01

    1열

    2답변

    grep을 사용하여 DNA 시퀀스 파일 검색

    Unix의 grep을 사용하여 파일 내의 특정 시퀀스를 검색하려고합니다. 파일은 대개 A, T, C 및 G의 매우 큰 (~ 1Gb) 파일입니다. 이 파일은 또한 많은 행을 포함하며 각 행은 60 자의 단어입니다. 내가 가지고있는 문제는 이러한 파일 내에서 특정 시퀀스를 검색 할 때 grep은 한 줄에 나타나는 패턴에 대한 결과를 반환하지만 패턴이 줄 (중간
    unix grep line-breaks dna-sequence 2012-09-19

    0열

    1답변

    텍스트 파일에서 DNA 시퀀스를 읽고 C의 배열에 저장하는 방법?

    C 언어의 텍스트 파일에서 DNA 서열을 읽고이를 어레이에 저장하고 각 뉴클레오티드 위치에서 시작하는 주어진 길이의 모든 부분 문자열을 추출하는 방법은 무엇입니까? 예컨대 시퀀스는 텍스트 파일에서 다음과 같은 방식으로 모든 출발 위치 cctgatagacgctatctggctatccaggtacttaggtcctctgtgcgaatctatgcgtttccaaccat
    bioinformatics dna-sequence 2012-03-06

    1열

    1답변

    내 파일의 헤더 라인의 패턴을 검색 할 필요 펄

    내 멀티 FASTA 보관이 형식에와 다음 라인 연결합니다 : >miRNA65 dvex2345 CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G >miRNA60 dvex1234 T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG >miRNA65 dvex2345 T-TAA-ACTTATCATCATCAT
    regex perl pattern-matching fasta dna-sequence 2012-08-06

    0열

    1답변

    Picard SamToFastq는 읽기 하나만 추출한 다음 오류가 발생합니다.

    bam 파일에서 일부 FastQ 파일을 추출하려고합니다. Picard는 SamToFastq로이 작업을 수행 할 수 있습니다.이 도구의 설명서에는 bam 또는 sam 파일 중 하나가 허용됩니다. 하지만 실행하면 읽기 하나만 추출한 다음 종료됩니다. 다음은 오류 메시지입니다. 어떤 도움을 주셔서 감사합니다. 그것이 나오는 것에 따라 [[email protect
    bioinformatics dna-sequence fastq picard 2012-06-20

    1열

    2답변

    Regex : 두 마커 사이의 DNA 정보 추출

    파일에서 DNA 정보를 추출하려고합니다. 기본 GCAT로 구성된 DNA 데이터 앞에 ORIGIN이라는 단어가 있고 그 뒤에 //이 있습니다. 이 마커 사이에 이러한 기지를 얻기 위해 정규 표현식을 작성하려면 어떻게해야합니까? 다음을 시도했지만 작동하지 않습니다. [ORIGIN(GCATgcat)////] 샘플 데이터 : ORIGIN 1 acag
    java regex dna-sequence 2011-12-07

    1열

    1답변

    pycogent를 사용하여 파이썬 2.7에서 조상 순서를 만드는 방법은 무엇입니까?

    나는 생물 정보학 프로젝트에서 일하고 있으며 Python 2.7에서 pycogent라는 모듈을 실행하려고합니다. 내 목표는 정렬 된 16s Fastq 시퀀스로 구성된 파일에서 조상 시퀀스를 만드는 것입니다. from cogent import LoadSeqs aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta') lf.setAlignment(aln)
    python module numpy python-2.7 dna-sequence 2012-08-22

    0열

    1답변

    BioPython의 translate() 메서드를 사용한 ORF 및 아미노 식별 - 잘못된 번역?

    저는 생물 정보학을 가르치려고합니다. 컴퓨터 과학 및 고성능 컴퓨팅을 통해 파티에 도착합니다. (필자는 생물학을 배우려고 노력하고 있습니다.) 저는 최근에 BioPython을 발견했으며 지금까지는 훌륭하다고 생각합니다. 그러나 누군가가 BioPython에서 sequence 데이터를 변환하기 위해 translate() 메소드를 사용하는 이유를 알아 내면 도움
    bioinformatics biopython dna-sequence ncbi 2013-04-29

    1열

    3답변

    많은 수의 시퀀스에 대해 pairwise 차이의 행렬을 계산 하시겠습니까?

    시퀀스의 긴 목록 간의 쌍으로 된 차이점의 수를 계산하여이를 다시 매트릭스 폼에 넣고 싶습니다. 저는 몇백 개의 유전 적 서열을 가지고 있으며, 각 서열은 이미 정렬되어 있으며 길이가 같습니다 (약 300 자). 내가 편집 거리 알고리즘 (해밍, leveinstein의 등) 중 하나를 찾고 아니지만 대신 두 시퀀스 간의 절대 차이의 수를 얻고 싶습니다. 각
    python matrix sequence dna-sequence 2012-07-08

    0열

    4답변

    Perl을 사용하여 한 번에 3 포지션의 문자열을 반복합니다.

    다음 코드를 Perl로 작성했습니다. 한 번에 문자열 3 자리 (문자)를 반복하고 싶습니다. TAA, TAG 또는 TGA (종료 코돈)가 나타나면 종료 코돈까지 인쇄하고 나머지 문자를 제거하고 싶습니다. 예 : data.txt로 ATGGGTAATCCCTAGAAATTT ATGCCATTCAAGTAACCCTTT 답변 : ATGGGTAATCCCTAG (제거 마지막
    perl dna-sequence 2012-04-01
최근 질문