dna-sequence

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DNAStringsets 목록을 하나의 DNAStingset으로 축소하여 writeXStringSet()을 적용한 후 fasta 파일로 변환합니다.

여기에서 R을 사용하여 생물 정보학 : DNAstringsSets 목록 (아래 참조)에 writeXstringset() 함수는 인수로 DNAstringset 객체를 인수로 사용하여 FASTA 파일로 저장합니다. 누구나 DNAstringsets 목록을 단일 DNAStringset 객체로 축소하여 인수로 사용할 수 있다는 것을 알고 있습니까? $NM_00886

r fasta dna-sequence 2014-10-10

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어떻게

내 목록은 다음과 같습니다 목록에서 특정 항목을 가입 : ['', 'CCCTTTCGCGACTAGCTAATCTGGCATTGTCAATACAGCGACGTTTCCGTTACCCGGGTGCTGACTTCATACTT CGAAGA', 'ACCGGGCCGCGGCTACTGGACCCATATCATGAACCGCAGGTG', '', '', 'AGATAAGCGTATCACG ACCT

python list join fasta dna-sequence 2014-08-31

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DNA에 디지털 정보를 암호화하십시오.

DNA는 생물학적 정보를 암호화하는 구조입니다. 최근 DNA는 디지털 정보를 인코딩하는 데 사용됩니다. (즉, DNA 시퀀스 등 사진, 텍스트, 같은 디지털 정보를 번역 을 DNA 서열에 이진 번역을 위해 정확하게 사용하는 어떤 알고리즘 을 위키 백과 주장과 같이.? 5.5 petabits 각 입방에 저장 될 수 DNA의 밀리미터 http://en.wiki

bioinformatics dna-sequence 2014-05-25

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Blast에 의한 어떤 결과도 줄 수 없지만 FASTA에 의한 결과를 얻을 수있는 서열을 찾는 방법은 무엇입니까?

Blast를 사용하여 결과를 얻을 수없는 dna 또는 단백질 시퀀스 (쿼리)를 찾아야합니다. 동시에 FASTA 도구에 넣을 때 결과를 제공해야합니다. 무엇을 찾을 수 있습니까?

bioinformatics similarity fasta dna-sequence blast 2014-10-22

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haploNet에서 원형 차트 플로팅 방법 Haplotype Networks {pegas}

haplotype 네트워크를 플로팅하기 위해 {pegas}의 haploNet 기능을 사용하려고하지만 동일한 원형 차트의 다른 인구 집단으로부터 동일한 haplotype을 배치하는 데 문제가 있습니다. x <- read.dna(file="x.fas",format="fasta") h <- haplotype(x) net <- haploNet(h) plot(

r dna-sequence phylogeny genetics ape-phylo 2014-09-10

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stri_count_fixed with overlap = TRUE 잘못된 인수 수를 반환했습니다.

오늘 stringi 패키지에 새로운 추가에 관한 새로운 게시물을 보았습니다. 여기서는 어떤 문자열 검색 기능에 "overlap=TRUE" 인수를 추가 할 수 있습니다. 이것은 post입니다. 그러나, 나는 (이 예에 설치할 수) 제안 bartektartanus 정확한 코드를 시도했습니다, 나는 그것을 실행할 때 나는 'stri_count_fixed'2를 기

regex r string dna-sequence stringi 2014-10-29

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bool과 같은 데이터 유형을 사용하여 가독성을 높이면서 데이터를 압축 할 수 있습니까?

내 공식 질문은 다음과 같습니다. "지저분한 비트 마스킹을 사용하지 않고 데이터를"인코딩하고 압축 "하기 위해 데이터 유형을 사용하는 깨끗한 방법이 있습니까? 압축의 경우 공간을 절약하고 비트 마스크보다 가독성을 높이기 위해 기본 데이터 유형, 구조 및 배열을 사용하고자합니다. 내 어셈블리 배경 비트 마스킹에 능숙하지만 나는 C + + 및 OOP를 배우고있

c++ compression bigdata entropy dna-sequence 2014-09-18

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각 표본 이름에 Deprogram이 다른 색상으로 라벨을 붙이고 색상을 R

누구에게 도와 주시겠습니까? 다음 코드를 사용하여 DNA 거리 매트릭스를 사용하여 맹검 법을 그려 나가려고합니다. 모든 것은 괜찮아 보이지만 다른 색으로 각 표본을 가질 수있는 것 같지 않습니다. 내 거리 행렬의 파일은 다음 링크에 있습니다 https://gist.github.com/plxsas/f02cd17e804f9fe1fe4a T6 <- fasta2D

r dendrogram dna-sequence phylogeny dendextend 2014-09-19

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MEME 파일 형식 시퀀스 PWM의 엔트로피?

배경 : MEME file format에서 내가 가지고있는 DNA의 주제는 position-weight-matrices (PWMs)로 표현. 다음은 Here에서 가져온 예제입니다 (자세한 내용은 Here 참조). MOTIF c585_n005_AGCWTAATC_d_0.034 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 n

dna-sequence 2014-09-23

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데이터 프레임을 반복하고 R에있는 동일한 이름에 따라 데이터 집합에 함수를 적용하십시오

제 대답은 "split"이고 for 루프이지만 R for can not new는 실제로 만들 수 있다고 생각합니다. 내가 바로 DNAstring 세트 (오른쪽으로를 함수 (subseq를())를 적용 할 모든 사본 이름을 A DNAStringSet instance of length 2 width seq names [1

r loops dataframe dna-sequence 2014-10-08

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