dna-sequence

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Java에서 단순 시퀀스 반복을 찾는 효율적인 방법

단순 시퀀스 반복을 찾아야하며 각 고유 반복을 해당 위치와 함께 저장해야합니다. 나는 이미 그것을하기위한 펄 코드를 작성했다. (pentamers 때까지 반복을 찾는 if와 for를 가지고있다.) 내 질문은 일부 정규식 또는 문자열을 검색하고 연속 반복 및 위치, 많은 제어 문 및 반복이 포함되지 않은 뭔가를 계산 반환 뭔가 같은 Java에서이 작업을 수행

java regex bioinformatics dna-sequence 2014-05-09

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계산 DNA 서열

아래 표준 FASTA 파일에서 시퀀스 'CCCCAAAA'와 'GGGGTTTT'의 발생을 기대하고있다 내 스크립트를 >contig00001 CCCCAAAACCCCAAAACCCCAAAACCCCTAcGAaTCCCcTCATAATTGAAAGACTTAAACTTTAAAACCCTAGAAT 스크립트는 CCCCAAAA 순서는 여기 카운트 3 회 CCCCAAAACCCCA

python bioinformatics biopython dna-sequence 2014-04-01

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단백질 서열 내의 아미노산 모티프를 찾으십시오.

나는 간단한 검색 엔진을 가지고 있으며, 여기에는 UniProt 코드와 서열이 여러 항목에 포함되어 있습니다. 결국이 모든 염기 서열에서 일부 모티프를 찾고 각 염기 서열에서 그 위치 (아미노산 만 시작 함)를 인쇄하고 싶습니다. 내 DICT이 >>> dict {'P07204_TRBM_HUMAN': 'MLGVLVLGALALAGLGFPAPAEPQPGGSQC

python bioinformatics dna-sequence 2014-04-02

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LARGE fasta 파일에 반복적으로 액세스합니다. 대부분의 mem efficif 방법?

Biopython을 사용하여 큰 단일 항목 fasta 파일 (514MB)을 열어 특정 좌표에서 DNA 시퀀스를 꺼낼 수 있습니다. 그것은 시퀀스를 반환하는 것이 합리적으로 느리고 나는 내가 알아 내지 못한이 작업을 수행하는 더 빠른 방법이 있는지 궁금 할뿐입니다. 속도는 하나 또는 두 개의 안타에 대한 문제가되지 않을 것입니다,하지만 난 145,000 좌표

python performance biopython fasta dna-sequence 2013-06-10

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페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까?

페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까? 우리는 유기체의 전체 게놈을 정렬 할 수 있습니까?

bioinformatics dna-sequence genome sequence-alignment 2014-04-06

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분할 나는라는 목록이 사용자 정의 인덱스

에서 파이썬 목록 항목 : FirstSequenceToSplit 을하고 DNA 서열이 하나 개의 항목을 포함하고 말 : 'ATTTTACGTA' 이 항목의 길이를 쉽게 반환 할 수 있으므로 사용자는 길이가 10 자임을 알고 있으므로 사용자가 원하는 인덱스의 문자 [0 : 6]을 추출하려고합니다. , 그런 다음 새 목록에 두 개의 항목을 생성합니다. 첫 번째

python list splice fasta dna-sequence 2014-04-10

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사용 파이썬은 Newick 형식에서 지점 길이를 추출

나는 아래 Newick 형식으로 작성된 나무이며, 하나 개의 항목으로 구성된 파이썬에서 목록이 :이 아래와 같이 나타납니다 ['(BMNH833953:0.16529463651919140688,(((BMNH833883:0.22945757727367316336,(BMNH724182a:0.18028180766761139897,(BMNH724182b:0.214696

python regex dna-sequence phylogeny 2014-04-19

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데이터 프레임에 저장된 DNA 시퀀스와 함께 as.DNAbin {ape}을 사용하는 방법은 무엇입니까?

하나의 열에 loci 이름이 있고 다른 열에 DNA 시퀀스가있는 데이터 프레임이 있습니다. 나는 as.DNAbin{ape} 또는 비슷한 DNAbin 개체를 만들려고 노력하고있어. 여기 일부 예시적인 데이터 : X < - 구조 (c ('55548', '43297', '35309', '34468', 'AATTCAATGCTCGGGAAGCAAGGAAAGCTGGGG

r dna-sequence ape-phylo 2014-01-14

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대상 시퀀스에 일치하지 않는 시퀀스를 찾기

Biostar에서 Rnaer에 의해 흥미로운 질문 : (예를 들어 30NT) 나는 주어진 길이의 독특한 DNA/단백질 서열을 찾으려면 하지 않습니다 C.elegans 게놈의 모든 지역과 일치합니다. 거기에 그런 도구가 있습니까?

search bioinformatics dna-sequence blast ncbi 2013-11-26

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문자열에 문자열의 시퀀스가 ​​몇 번이나 생길 필요가 있습니다. R

그래서 일련의 뉴클레오타이드가 있으며, 시퀀스에 단어 가가가 나타나는 횟수를 계산해야합니다. 여기 dna=c("a","g","c","t") N=16 x=sample(dna,N,4) x2=paste(x,collapse="") x2 이 예제 출력 : 이것은 내가 지금까지 무엇을 가지고 결국 gtaggcctaattataa ,이 실행 100 배를 만

string r search bioinformatics dna-sequence 2013-10-10

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