나는 이것이 쉬운 일이라고 확신하지만, 나는 생물 정보학적인 경험이 매우 제한적이다. 동일한 12 종의 서로 다른 유전자의 정렬을 포함하는 많은 -100,000 개의 FASTA 파일이 있습니다. 각 파일은 다음과 같이 보입니다 : 같은 방법으로 정렬 >dmel
ACTTTTGATACAATTAAC
>dsim
AATCCCAGACAAATTAAG
>dsec
현재 인트론이 소문자이고 엑손이 대문자 인 문자열 형식의 DNA 시퀀스로 작업하고 있습니다. 이 메소드의 목적은 가능한 빨리 String 형태로 엑슨을 검색하는 것입니다. 시퀀스의 예 : ATGGATGACAGgtgagaggacactcgggtcccagccccaggctctgccctcaggaagggggtcagctctcaggggcatctccctctcacagccca
I 두 가지 유형의 파일 가지고 A는 : 좌표 1,206 라인 (XYZ)를 포함 - B는 단백질 사슬 - 분자 무리 좌표 114 개 라인 (XYZ)를 포함를 다음과 같이하고 싶습니다 : A의 각 줄마다 B의 각 줄마다 거리를 계산하십시오. 그래서 저는 A의 각 줄마다 114 개의 거리 값을 얻습니다. 그러나 나는 모두를 필요로하지 않습니다. A의 각 라인.
나는 검색 질문이있는 초보자 python 프로그래머입니다. DNA 파일에서 DNA 문자열을 찾아야합니다. 문제는 파일에 문자열이 나타나는 위치를 알지 못하고 두 번 나타나고 두 위치를 모두 알아야한다는 것입니다. 현재 프로그램은 첫 번째 문자열 만 찾을 수 있으며 두 번째 문자열을 찾기 위해 검색을 계속하는 데 어려움을 겪고 있습니다. 내가 가지고있는 두
폴더에 포함 된 모든 fastq 파일을 fasta 형식으로 변환하려고합니다. 각 파일은 원래 이름을 유지하지만 fasta 확장자로 다음 코드를 작성했습니다. 그러나 각 파일의 마지막 순서 만 추출합니다 !!! #!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
my ($dir, $files,
이것은 다소 간단한 프로그래밍 문제를 전제로 합니다만이 문제로 인해 어려움을 겪었습니다. 대부분 내가 사용하기에 적합한 단어를 모르기 때문에? 일련의 "범위"(아래의 숫자 집합, 2-IRanges 또는 3-GenomicRanges의 형태로)가 주어지면 작은 범위 집합으로 나누고 싶습니다. 예부터 : 휴식의 Chr Start End
1 1 10000
메신저는 텍스트 파일의 시퀀스에서 dinuc 수와 주파수를 찾으려고 시도하지만 내 코드는 단일 뉴클레오티드 카운트 만 출력합니다. e = "ecoli.txt"
ecnt = {}
with open(e) as seq:
for line in seq:
for word in line.split():
for i in range(
나는 ~ 13K 염기 서열을 120 염기가 가지고 있으며, 보존 된 부위와 같은 것을 발견하기 위해 그것들을 비교하기를 원합니다. 문제는이 일련의 시퀀스로 시도한 사항을 수행 할 수 없다는 것입니다. 그래서 누구나이 크기로 비슷한 것을했는데 달성 할 수있는 힌트를 줄 수 있습니까? 아니면 내가 알아야 할 몇 가지 팁이 있을까요?
달빛 단백질 데이터베이스 (www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=)에서 Python을 통해 아미노산 서열을 가진 FASTA 파일을 추출하고 싶습니다. 직접 프로그래밍하는 것보다 프로그래밍하는 법을 배울 것입니다. b/c가 계속됩니다. 우리는 2016 년입니다. 문제는 코드를 작성하는 방법을 모르겠다는
저는 seqplots라는 도구를 사용하여 일부 시퀀싱 데이터를 분석하려고했습니다. 이 도구는 생체 컨덕터를 통해 실행되며 게놈 패키지를 설치해야합니다. 것은,이 패키지를 설치 R을 시작하고 입력 : :이 bioconductor 웹 사이트는 다음 설치 지침을 제공 : 나는 R 터미널이를 입력하면 source("https://bioconductor.org/bi